我想用python提取Vina对接文件中的 REMARK INTER + INTRA: -10.237这个数据
时间: 2024-04-08 14:34:53 浏览: 97
使用python提取html文件中的特定数据的实现代码
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要提取AutoDock Vina对接文件中的互相作用能,请使用以下示例代码:
```python
def extract_inter_intra_score(filename):
with open(filename, 'r') as file:
for line in file:
if line.startswith('REMARK INTER + INTRA:'):
parts = line.split()
inter_intra_score = float(parts[3])
return inter_intra_score
return None
# 提取互相作用能
inter_intra_score = extract_inter_intra_score('output.pdbqt')
# 打印互相作用能
print(f'Inter + Intra score: {inter_intra_score}')
```
在上面的代码中,我们定义了一个`extract_inter_intra_score`函数来提取互相作用能。它打开文件并逐行读取,当遇到以`REMARK INTER + INTRA:`开头的行时,提取互相作用能数值,并将其转换为浮点数。然后返回该值。
你可以调用`extract_inter_intra_score`函数并传递AutoDock Vina输出文件的路径(例如`output.pdbqt`),然后得到互相作用能的数值。接下来,你可以根据需要进一步处理和使用该数值。
请注意,如果在文件中找不到以`REMARK INTER + INTRA:`开头的行,则函数将返回`None`。你可以根据实际情况进行错误处理。
希望这可以帮助你提取所需的互相作用能数据。如果你有任何其他问题,请随时提问!
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