Error in plot_gene_map(dna_segs = list(Query, Ref), comparisons = list(comparison), : Argument dna_segs must be a list of dna_seg objects
时间: 2024-03-18 10:41:24 浏览: 18
这个错误提示表明,在执行`plot_gene_map`函数时,参数`dna_segs`需要传入一个`dna_seg`对象的列表,但是传入的参数类型不正确。
首先需要确认你是否已经安装了`genoPlotR`包,因为`plot_gene_map`函数是该包中的一个函数。如果没有安装,可以使用以下命令进行安装:
```
install.packages("genoPlotR")
```
如果已经安装了该包,可以检查一下传入`plot_gene_map`函数的参数`dna_segs`和`comparisons`是否正确。`dna_segs`应该是一个包含`dna_seg`对象的列表,而`comparisons`应该是一个包含`comparison`对象的列表。
例如,如果你有两个`dna_seg`对象`Query`和`Ref`,以及一个`comparison`对象`my_comparison`,则可以这样调用`plot_gene_map`函数:
```
library(genoPlotR)
dna_segs <- list(Query, Ref)
comparisons <- list(my_comparison)
plot_gene_map(dna_segs = dna_segs, comparisons = comparisons)
```
注意,`dna_segs`和`comparisons`参数都需要传入一个列表,即使只有一个对象也需要放入列表中。如果问题仍然存在,请检查传入`dna_segs`参数列表中的对象是否是`dna_seg`类型的对象。
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####### # Purpose: Visualize fastANI core-genome comparison # Usage: Rscript <this_script> <query sequence in fasta format> <subject sequence> <fastANI visualization output> # Output: <fastANI visualization output filename>.pdf # Uses genoPlotR package: http://genoplotr.r-forge.r-project.org #Parse command line arguments query_fasta=commandArgs(TRUE)[1] subject_fasta=commandArgs(TRUE)[2] fastANI_visual_file=commandArgs(TRUE)[3] library(genoPlotR) #Read fastANI output comparison <- try(read_comparison_from_blast(fastANI_visual_file)) #Read sequences into genoPlotR objects Query <- try(read_dna_seg_from_file(query_fasta)) Ref <- try(read_dna_seg_from_file(subject_fasta)) plotTitle = paste(query_fasta, subject_fasta, sep=" v/s ") pdf( paste(fastANI_visual_file,".pdf",sep="") ) plot_gene_map(dna_segs=list(Query, Ref), comparisons=list(comparison), main=plotTitle, scale=FALSE, scale_cex=1, n_scale_ticks=4) dev.off()
这是一段R语言的脚本,用于将fastANI的核基因组比较结果进行可视化。它需要三个输入参数:查询序列(以fasta格式提供)、参考序列(以fasta格式提供)和fastANI可视化输出文件。它使用了genoPlotR软件包,可以在http://genoplotr.r-forge.r-project.org上找到。输出结果是一个PDF文件,包含了比较结果的可视化图形。
AttributeError: Plot_KF object has no attribute plotTraj_CA
AttributeError: Plot_KF object has no attribute plotTraj_CA的错误通常是因为在Plot_KF类中没有定义名为plotTraj_CA的属性或方法。可能的原因是代码中拼写错误或者忘记定义该属性或方法。解决此问题的方法是检查代码中是否正确定义了plotTraj_CA属性或方法,并确保拼写正确。如果代码正确,但仍然出现此错误,则可能需要检查代码中是否存在其他问题。