用python语言重写下面代码:library(ROSE) data.rose=ROSE(y~ ., data =intact, seed = 1)$data table(data.rose$y) str(data.rose) > table(data.rose$y)

时间: 2024-03-25 09:38:16 浏览: 9
好的,下面是使用Python语言重写的代码: ```python from imblearn.over_sampling import RandomOverSampler ros = RandomOverSampler(random_state=1) X_resampled, y_resampled = ros.fit_resample(intact.drop(columns='y'), intact['y']) data_rose = pd.concat([X_resampled, y_resampled], axis=1) print(data_rose['y'].value_counts()) print(data_rose.info()) ``` 解释: 1. 首先我们导入`imblearn`库中的`RandomOverSampler`函数,该函数可以实现随机过采样,从而平衡正负样本的数量。 2. 接着,我们定义一个`RandomOverSampler`类的对象`ros`,并传入参数`random_state=1`,以确保每次运行时都使用相同的随机数种子。 3. 然后,我们使用`fit_resample`方法对数据集进行过采样,其中`intact.drop(columns='y')`表示去掉目标变量`y`之后的所有特征,`intact['y']`表示目标变量`y`。过采样之后,得到了新的数据集`X_resampled`和`y_resampled`。 4. 我们使用`pd.concat`函数将`X_resampled`和`y_resampled`合并起来,得到新的数据集`data_rose`。 5. 最后,我们使用`value_counts`方法统计`data_rose`中`y`变量的取值情况,并使用`info`方法查看数据集的结构信息。 需要注意的是,我们在Python中使用`imblearn`库来实现随机过采样,因此在运行上述代码之前需要确保已经安装了该库。

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详细逐步解释下列代码:import os.path import re import yaml import csv from tasly import builder_utils ############################ # IntAct - MutationDs # ############################ def parser(databases_directory, download=True): relationships = set() # 加载yml文件 with open('./yml/mutationDsConfig.yml', 'r') as f: config = yaml.safe_load(f) header = config['header'] output_file_name = "mutation_curated_affects_interaction_with.csv" regex = r":(\w+)\(" url = config['mutations_url'] directory = os.path.join(databases_directory, "MutationDs") builder_utils.checkDirectory(directory) file_name = os.path.join(directory, url.split('/')[-1]) if download: builder_utils.downloadDB(url, directory) with open(file_name, 'r', encoding='utf-8') as mf: first = True for line in mf: if first: first = False continue data = line.rstrip("\r\n").split("\t") if len(data) > 12: internal_id = data[0] pvariant= '_'.join(data[1].split(':')) effect = data[5] organism = data[10] interaction = data[11] evidence = data[12] if organism.startswith("9606"): matches = re.finditer(regex, interaction) for matchNum, match in enumerate(matches, start=1): interactor = match.group(1) relationships.add((pvariant, interactor, "CURATED_AFFECTS_INTERACTION_WITH", effect, interaction, evidence, internal_id, "Intact-MutationDs")) # builder_utils.remove_directory(directory) return (relationships, header, output_file_name) if __name__ == '__main__': databases_directory = './databases' relationships, header, output_file_name = parser(databases_directory, download=True) # 新建CSV文件并写入表头 with open(os.path.join('./databases/MutationDs', output_file_name), 'w', newline='', encoding='utf-8') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(header) for item in relationships: writer.writerow(item) print("Data saved to {} successfully!".format('entities.csv'))

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