LiTS2017数据集的路径为D:\BaiduNetdiskDownload\LiTS2017,将数据集的3D图像转换成2D的三通道png格式图像,3D标签转换成2D的png格式标签。其中标签灰度图设置成背景灰度值0,肝脏灰度值1,肝脏肿瘤灰度值2,LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹,Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的保存到对应的文件夹
时间: 2023-11-27 14:53:34 浏览: 74
好的,下面是Python代码实现:
```python
import os
import numpy as np
import nibabel as nib
from PIL import Image
# 创建保存路径
save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017'
if not os.path.exists(save_path):
os.makedirs(save_path)
if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'image')):
os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image'))
if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'label')):
os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label'))
# 加载数据集
data_path = 'D:/BaiduNetdiskDownload/LiTS2017'
img_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 1')
label_path = os.path.join(data_path, 'Training Batch 2')
# 转换图像
for file in sorted(os.listdir(img_path)):
if file.endswith('.nii'):
img_file = os.path.join(img_path, file)
img = nib.load(img_file).get_fdata()
img = np.transpose(img, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y
for i in range(img.shape[0]):
img_slice = img[i, :, :]
img_slice = (img_slice - np.min(img_slice)) / (np.max(img_slice) - np.min(img_slice)) * 255 # 归一化到0-255
img_slice = img_slice.astype(np.uint8)
img_slice = np.stack([img_slice]*3, axis=2) # 转换为三通道图像
img_name = file[:-4] + '_' + str(i).zfill(3) + '.png'
img_file_save = os.path.join(save_path, 'image', img_name)
Image.fromarray(img_slice).save(img_file_save)
# 转换标签
for file in sorted(os.listdir(label_path)):
if file.endswith('.nii'):
label_file = os.path.join(label_path, file)
label = nib.load(label_file).get_fdata()
label = np.transpose(label, (2, 0, 1)) # 转换为z, x, y
for i in range(label.shape[0]):
label_slice = label[i, :, :]
label_slice[label_slice == 1] = 255 # 肝脏灰度值设为255
label_slice[label_slice == 2] = 128 # 肝脏肿瘤灰度值设为128
label_slice = label_slice.astype(np.uint8)
label_name = file[:-4] + '_' + str(i).zfill(3) + '.png'
label_file_save = os.path.join(save_path, 'label', label_name)
Image.fromarray(label_slice).save(label_file_save)
```
这段代码会先创建好保存路径和文件夹,然后读取数据集,接着对每个图像和标签进行处理,最后将处理好的图像和标签保存到对应的文件夹中。需要注意的是,这里使用了`nibabel`包来加载`.nii`文件,使用了`PIL`包来保存图像。
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