tcga与gtex原始count数据合并并去除批次效应r语言代码
时间: 2023-09-03 22:16:35 浏览: 277
新版TCGA数据整理,通过R语言实现TCGA数据整理
将TCGA和GTEx的原始count数据合并并去除批次效应的R语言代码可以分为以下几个步骤:
1. 导入所需的R包
```R
library(sva)
library(limma)
```
2. 读取TCGA和GTEx的原始count数据
```R
tcga_counts <- read.csv("tcga_counts.csv", row.names=1, check.names=FALSE)
gtex_counts <- read.csv("gtex_counts.csv", row.names=1, check.names=FALSE)
```
3. 根据基因ID将TCGA和GTEx的count数据进行合并
```R
merged_counts <- merge(tcga_counts, gtex_counts, by=0, all=TRUE)
rownames(merged_counts) <- merged_counts[,1]
merged_counts <- merged_counts[,2:ncol(merged_counts)]
```
4. 对合并后的count数据进行标准化
```R
scaled_counts <- t(scale(t(merged_counts)))
```
5. 使用SVA方法进行批次效应的调整
```R
batch <- gsub("\\..*", "", colnames(merged_counts))
mod <- model.matrix(~batch)
mod0 <- model.matrix(~1, ncol(mod))
svseq <- svaseq(scaled_counts, mod, mod0)
adjusted_counts <- svseq$svd$q %*% t(svseq$remained_counts)
adjusted_counts <- t(adjusted_counts)
```
6. 将调整后的count数据保存到文件中
```R
write.csv(adjusted_counts, "merged_counts_adjusted.csv")
```
以上是一个简单的合并TCGA和GTEx原始count数据并去除批次效应的流程,具体的实现方式可能因为数据的特殊性而有所不同。
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