tcga与gtex原始count数据合并并去除批次效应r语言代码

将TCGA和GTEx的原始count数据合并并去除批次效应的R语言代码可以分为以下几个步骤：

1. 导入所需的R包

library(sva)
library(limma)

2. 读取TCGA和GTEx的原始count数据

tcga_counts <- read.csv("tcga_counts.csv", row.names=1, check.names=FALSE)
gtex_counts <- read.csv("gtex_counts.csv", row.names=1, check.names=FALSE)

3. 根据基因ID将TCGA和GTEx的count数据进行合并

merged_counts <- merge(tcga_counts, gtex_counts, by=0, all=TRUE)
rownames(merged_counts) <- merged_counts[,1]
merged_counts <- merged_counts[,2:ncol(merged_counts)]

4. 对合并后的count数据进行标准化

scaled_counts <- t(scale(t(merged_counts)))

5. 使用SVA方法进行批次效应的调整

batch <- gsub("\\..*", "", colnames(merged_counts))
mod <- model.matrix(~batch)
mod0 <- model.matrix(~1, ncol(mod))
svseq <- svaseq(scaled_counts, mod, mod0)
adjusted_counts <- svseq$svd$q %*% t(svseq$remained_counts)
adjusted_counts <- t(adjusted_counts)

6. 将调整后的count数据保存到文件中

write.csv(adjusted_counts, "merged_counts_adjusted.csv")

以上是一个简单的合并TCGA和GTEx原始count数据并去除批次效应的流程，具体的实现方式可能因为数据的特殊性而有所不同。