Linux salmon 编译安装

要在Linux上编译安装Salmon，可以按照以下步骤进行操作：

1. 首先，启动你的conda环境。你可以使用命令`conda activate rna`来激活你的环境。

2. 接下来，你需要安装一些依赖软件。你可以使用conda命令来安装这些软件，例如：`conda install -y python=3.7.0 sra-tools=2.10.7 hisat2 samtools`等等。请根据你的需要安装所需的软件。

3. 安装完成后，你可以下载Salmon的源代码并解压缩。你可以使用wget命令来下载Salmon的压缩包，例如：`wget -c https://github.com/COMBINE-lab/salmon/archive/v1.4.0.tar.gz`。然后，使用tar命令来解压缩压缩包，例如：`tar -zxvf v1.4.0.tar.gz`。

4. 进入解压后的Salmon目录。你可以使用cd命令进入目录，例如：`cd salmon-1.4.0`。

5. 接下来，你可以使用cmake命令来构建Salmon。在Salmon目录中，创建一个build目录，并进入该目录，例如：`mkdir build && cd build`。然后，运行cmake命令来配置构建过程，例如：`cmake ..`。

6. 配置完成后，你可以使用make命令来编译Salmon。运行`make`命令，例如：`make`。

7. 编译完成后，你可以使用make install命令来安装Salmon。运行`make install`命令，例如：`make install`。

8. 安装完成后，你可以使用`salmon`命令来启动Salmon，并进行相应的转录组分析。例如：`salmon --help`可以查看Salmon的帮助信息。

通过按照上述步骤，在Linux上编译安装Salmon，你将能够使用该工具进行转录组分析。请确保在操作之前已经激活了正确的conda环境，并根据需要安装了所需的软件。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span><span class="em">4</span>