如何用MetaboAnalystR包进行代谢物富集

MetaboAnalystR是一个R包，可以用于代谢物富集分析，下面是使用MetaboAnalystR包进行代谢物富集的步骤：

1. 安装MetaboAnalystR

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("MetaboAnalystR")

2. 载入MetaboAnalystR

library(MetaboAnalystR)

3. 准备数据

- 准备需要进行富集分析的代谢物列表，格式为一个包含代谢物名称的向量；

- 准备注释文件，格式为一个包含代谢物名称和注释信息（如KEGG ID, PubChem ID等）的数据框；

- 准备背景代谢物列表，格式同第一步。

4. 进行富集分析

enr_res <- MetaboAnalystR::enrichment_analysis(
  universe_list = bg_list, # 背景代谢物列表
  target_list = met_list, # 目标代谢物列表
  species = "hsa", # 物种，例如人类hsa，大鼠rno等
  met_source = "KEGG", # 代谢物数据库来源，例如KEGG, HMDB等
  enrichment_test = "hypergeometric", # 富集分析方法，例如hypergeometric，fisher等
  pval_cutoff = 0.05, # 显著性水平
  fdr_cutoff = 0.1, # 检验校正后的显著性水平
  show_all_pathways = FALSE # 是否显示所有通路
)

5. 结果可视化

MetaboAnalystR::enrichment_plot(enr_res)

以上就是使用MetaboAnalystR包进行代谢物富集的步骤，需要注意的是，富集分析的结果需要根据实际情况进行解释和验证。