使用python将nii格式的掩膜向周围扩展3mm保存为mask3mm。并构造一个以原来掩膜边缘为中心,向周围扩3mm的新掩膜,保存为edge_mask
时间: 2023-06-20 17:03:42 浏览: 172
首先需要安装 `nibabel` 库用于读取和保存 Nifti 格式的文件,可以使用以下命令安装:
```
pip install nibabel
```
接下来,可以使用以下代码实现掩膜的扩展和边缘的提取:
```python
import nibabel as nib
import numpy as np
# 加载原始掩膜
mask = nib.load('original_mask.nii.gz')
mask_data = mask.get_fdata()
# 构造结构元素
structuring_element = np.ones((3, 3, 3))
# 扩展掩膜
dilated_mask_data = binary_dilation(mask_data, structure=structuring_element, iterations=3)
# 保存扩展后的掩膜
dilated_mask = nib.Nifti1Image(dilated_mask_data, mask.affine)
nib.save(dilated_mask, 'mask3mm.nii.gz')
# 提取边缘
edge_mask_data = np.logical_xor(mask_data, dilated_mask_data)
# 保存边缘掩膜
edge_mask = nib.Nifti1Image(edge_mask_data, mask.affine)
nib.save(edge_mask, 'edge_mask.nii.gz')
```
需要注意的是,上述代码中的 `binary_dilation` 函数用于对二值图像进行膨胀操作。如果需要使用其他的扩展算法,可以替换此部分代码。同时,也需要根据实际情况修改文件路径等参数。
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