prot = apply(prot,1,function(x) log2(x/median(x,na.rm = T)))
时间: 2023-08-17 17:05:02 浏览: 31
这行代码的作用是将一个矩阵或数据框的每一行进行计算,计算方法是将每个元素除以该行的中位数,然后取对数(以2为底),最后返回一个新的矩阵或数据框。这个操作可以用来对数据进行归一化处理,使得不同行之间的值具有可比性。其中,apply函数是R语言中的一个函数,它可以将一个函数应用到矩阵或数据框的每一个维度上,这里的1表示按行操作,na.rm参数表示忽略缺失值。
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经prot = apply(prot,1,function(x) log2(x/median(x,na.rm = T))),行列改变了为什么
这是因为`apply()`函数对矩阵或数组进行操作时,默认是按行进行操作的。也就是说,`apply(prot, 1, function(x) log2(x/median(x,na.rm = T)))`这行代码是把`prot`矩阵的每一行取出来,然后分别计算每行元素除以该行中位数的对数值,最后再把新的结果拼接成一个新的矩阵。
因此,通过`apply()`函数进行计算后,矩阵的行列关系发生了改变,行数与原矩阵相同,但列数可能已经改变了。如果你想保持原来的行列状态,可以使用`apply()`函数的第二个参数来指定操作的维度,例如`apply(prot, 2, function(x) log2(x/median(x,na.rm = T)))`表示按列进行操作,不改变矩阵的行列状态。
经prot = apply(prot,1,function(x) log2(x/median(x,na.rm = T))),自动改变了行列怎么解决
经过这个操作,apply函数将原矩阵的每一行都进行了一次操作,并返回一个新的矩阵。因此,可能会导致行列的变化。如果你希望保持原有的行列结构,可以在apply函数中添加第2个参数MARGIN,指定操作是在行还是列上进行的。例如,如果你希望对每一列进行操作,则可以将MARGIN设置为2,代码如下:
```
prot <- apply(prot, 2, function(x) log2(x/median(x, na.rm = TRUE)))
```
这将对数据框中的每一列进行操作,而不是每一行。如果你希望对每一行进行操作,则将MARGIN设置为1即可。