r语言怎么把coxph数据做森林图
时间: 2023-12-18 22:02:39 浏览: 99
R语言笔记--常用函数、统计分析、数据类型、数据操作、帮助、安装程序包、R绘图.pdf
要Cox模型的结果绘制为森林图,您可以使用“forestplot”包。
以下是一个简单的示例代码:
```R
library(survival)
library(forestplot)
# 拟合Cox模型
fit <- coxph(Surv(time, status) ~ age + sex + ph.ecog + ph.karno, data = lung)
# 提取模型系数及其标准误
coef <- summary(fit)$coef[,c(1,3)]
# 将结果绘制为森林图
forestplot(row.names = coef[,1],
mean = coef[,1],
lower = coef[,2],
upper = coef[,2],
is.summary = c(TRUE, rep(FALSE, nrow(coef)-1))),
xlog = TRUE,
zero = 1,
boxsize = 0.4)
```
在这个例子中,我们使用了肺癌数据集中的一些变量来拟合Cox模型。然后,我们使用`summary()`函数提取模型系数及其标准误,并将其传递给`forestplot()`函数来创建森林图。
请注意,我们设置了`is.summary`参数,以便第一个系数显示为摘要线,而其他系数则显示为单独的行。我们还设置了`xlog`参数,以便将水平轴设置为对数刻度。最后,我们设置了`zero`参数,以便摘要线的值为1,这是常见的比较基准。
这只是一个简单的例子,您可以根据您的具体需求进行调整。
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