不要依次替换 同时输出到新文件里
时间: 2023-08-31 11:42:38 浏览: 38
如果您希望一次性将所有替换规则应用到每个记录的ID中,并将处理后的结果保存到新的FASTA文件中,可以尝试以下代码:
```
import re
from Bio import SeqIO
fasta_file = "input.fasta"
txt_file = "rules.txt"
output_file = "output.fasta"
# 读取FASTA文件中的记录
records = list(SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"))
# 读取替换规则
replace_rules = []
with open(txt_file, "r") as f:
for line in f:
old_pattern, new_string = line.strip().split("\t")
replace_rules.append((old_pattern, new_string))
# 对每个记录的ID应用所有替换规则
for record in records:
new_id = record.id
for old_pattern, new_string in replace_rules:
new_id = re.sub(old_pattern, new_string, new_id)
record.id = new_id
# 将处理后的记录保存到新的FASTA文件中
with open(output_file, "w") as f:
SeqIO.write(records, f, "fasta")
```
这段代码首先读取输入的FASTA文件和替换规则文件,然后对每个记录的ID应用所有替换规则,并将处理后的结果保存到新的FASTA文件中。
具体步骤如下:
1. 使用`SeqIO.parse()`函数从输入的FASTA文件中读取所有记录,并使用`list()`函数将它们转换为列表,以便能够多次遍历。
2. 使用`open()`函数打开替换规则文件,并使用`strip()`和`split()`函数按行解析所有替换规则。
3. 对于每个记录,使用循环遍历所有替换规则,将模式替换为替换字符串,并更新记录的ID。
4. 将处理后的记录列表使用`SeqIO.write()`函数写入新的FASTA文件中。
请注意,这段代码中的替换规则也应该按行依次输入,每行包含一个模式和一个替换字符串,中间用制表符(`\t`)分隔。