idx name nseq alen mlen W eff_nseq re/pos description #---- -------------------- ----- ----- ----- ----- -------- ------ ----------- 1 PRRSV 1554 17866 15121 17243 3.26 0.620
时间: 2023-08-15 15:47:48 浏览: 96
Fashion-MNIST数据集
这是 HMMER 的 hmmscan 命令输出结果的一部分,显示了检索结果的信息。具体来说,这部分输出包括以下内容:
- idx:表示序列的索引号,从 1 开始递增。
- name:表示序列的名称或标识符。
- nseq:表示序列的数目。
- alen:表示序列的长度,即对齐之后的长度。
- mlen:表示序列的模型匹配长度。
- W:表示搜索使用的窗口大小。
- eff_nseq:表示有效序列数目,即考虑到序列之间的相似性而计算的序列数目。
- re/pos:表示匹配的相对熵/位点相对熵。
- description:表示序列的描述信息或注释。
根据这些信息,可以对序列的匹配情况进行初步的了解和分析。其中,mlen 和 eff_nseq 是比较重要的指标,可以用来评估序列与模型的匹配程度。
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