请将我的数据集里面的3D图像变成2D、RGB三通道、的png格式的图像(调整窗宽窗位,以突出所需区域的细节)。数据集里面的3D标签变成(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的)2D的png格式标签。 LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。

时间: 2024-02-03 08:14:54 浏览: 9
好的,您可以使用以下Python代码来实现您的需求: ```python import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 定义窗宽窗位 WW = 150 WL = -50 # 定义数据集路径和保存路径 data_path = r"C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017" save_path = r"C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017" # 创建保存路径文件夹 if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, "images")): os.makedirs(os.path.join(save_path, "images")) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, "labels")): os.makedirs(os.path.join(save_path, "labels")) # 处理训练集1 image_path = os.path.join(data_path, "training_batch1") for file in os.listdir(image_path): if file.endswith(".nii"): # 读取nii文件 img = nib.load(os.path.join(image_path, file)) img_array = img.get_fdata() # 调整窗宽窗位 img_array = np.clip((img_array - (WL - 0.5)) / (WW - 0.5) * 255.0, 0, 255).astype(np.uint8) # 将3D图像变成2D图像 for i in range(img_array.shape[2]): img_slice = img_array[:, :, i] # 将灰度值归一化到0-255范围 img_slice = (img_slice - np.min(img_slice)) / (np.max(img_slice) - np.min(img_slice)) * 255.0 img_slice = img_slice.astype(np.uint8) # 创建PIL Image对象并保存为png格式 img_pil = Image.fromarray(np.stack((img_slice,) * 3, axis=-1)) img_pil.save(os.path.join(save_path, "images", f"{file.split('.')[0]}_{i+1:03}.png")) # 处理训练集2 label_path = os.path.join(data_path, "training_batch2") for file in os.listdir(label_path): if file.endswith(".nii"): # 读取nii文件 img = nib.load(os.path.join(label_path, file)) img_array = img.get_fdata() # 将3D标签变成2D标签 for i in range(img_array.shape[2]): img_slice = img_array[:, :, i] img_slice[img_slice == 1] = 255 # 将肝脏标签设为255 img_slice[img_slice == 2] = 128 # 将肝脏肿瘤标签设为128 # 创建PIL Image对象并保存为png格式 img_pil = Image.fromarray(img_slice) img_pil.save(os.path.join(save_path, "labels", f"{file.split('.')[0]}_{i+1:03}.png")) ``` 代码中使用了Python第三方库nibabel和Pillow,需要先安装这两个库。您可以使用以下命令进行安装: ``` pip install nibabel Pillow ``` 该代码会将训练集1中的3D图像转换成2D、RGB三通道、png格式的图像,并保存到`C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017\images`文件夹中;将训练集2中的3D标签转换成2D、灰度图像、png格式的标签,并保存到`C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017\labels`文件夹中。

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