请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道、的png格式的图像(调整窗宽窗位,突出所需区域的细节与背景的区别)。数据集的3D标签变成(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的)2D的png格式标签。 LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。

时间: 2024-02-05 22:10:34 浏览: 95
好的,需要使用Python的nibabel库和Pillow库来实现这个任务。以下是代码实现: ```python import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 设置LiTS2017数据集路径和保存路径 data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017' save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' # 创建保存路径文件夹 if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'image')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'image')) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'label')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'label')) # 定义窗宽窗位参数 WW = 350 WL = 50 # 循环遍历Training Batch 1文件夹中的所有图像 for file in os.listdir(os.path.join(data_path, 'Training Batch 1')): if file.endswith('.nii'): # 读取nii文件 img_nii = nib.load(os.path.join(data_path, 'Training Batch 1', file)) img_array = img_nii.get_fdata() # 调整窗宽窗位 img_array = np.clip((img_array - (WL - 0.5)) / WW, 0, 1) * 255 img_array = img_array.astype(np.uint8) # 将3D图像转换为2D RGB图像 for i in range(img_array.shape[2]): img_slice = img_array[:, :, i] img_rgb = np.stack((img_slice, img_slice, img_slice), axis=2) # 保存图像 save_name = file.split('.')[0] + '_' + str(i) + '.png' save_path_image = os.path.join(save_path, 'image', save_name) Image.fromarray(img_rgb).save(save_path_image) # 循环遍历Training Batch 2文件夹中的所有标签 for file in os.listdir(os.path.join(data_path, 'Training Batch 2')): if file.endswith('.nii'): # 读取nii文件 label_nii = nib.load(os.path.join(data_path, 'Training Batch 2', file)) label_array = label_nii.get_fdata() # 将3D标签转换为2D标签 for i in range(label_array.shape[2]): label_slice = label_array[:, :, i] label_slice[label_slice == 1] = 255 label_slice[label_slice == 2] = 128 # 保存标签 save_name = file.split('.')[0] + '_' + str(i) + '.png' save_path_label = os.path.join(save_path, 'label', save_name) Image.fromarray(label_slice.astype(np.uint8)).save(save_path_label) ``` 运行以上代码后,2D-LiTS2017文件夹中会包含image文件夹和label文件夹,分别保存了转换后的2D RGB图像和2D标签。其中,图像文件名与原始nii文件名相同,标签文件名在原始文件名后加上下划线和切片序号。

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