请将我的LiTS2017数据集的3D图像变成2D、RGB三通道、的png格式的图像。数据集的3D标签变成2D的png格式标签。(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的) LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹。Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii。 LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017。 保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的数据保存到对应的文件夹。

时间: 2024-02-05 13:11:18 浏览: 10
好的,您可以使用以下Python代码来实现这个功能: ```python import os import numpy as np import nibabel as nib from PIL import Image # 设置数据集路径和保存路径 data_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/LiTS2017' save_path = 'C:/Users/Administrator/Desktop/2D-LiTS2017' # 创建保存路径文件夹 if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'images')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'images')) if not os.path.exists(os.path.join(save_path, 'labels')): os.makedirs(os.path.join(save_path, 'labels')) # 加载3D图像和标签 for i in range(1, 3): data_folder = os.path.join(data_path, 'Training Batch ' + str(i)) for file_name in os.listdir(data_folder): if file_name.endswith('.nii'): # 加载nii文件 img_nii = nib.load(os.path.join(data_folder, file_name)) img = img_nii.get_fdata() # 将3D图像转换为2D图像 if img.shape[-1] > 1: for j in range(img.shape[-1]): img_slice = np.squeeze(img[:, :, j]) img_slice = np.uint8((img_slice - img_slice.min()) / (img_slice.max() - img_slice.min()) * 255) img_rgb = np.stack((img_slice,)*3, axis=-1) # 保存为png格式 img_save_path = os.path.join(save_path, 'images', file_name[:-4] + '_' + str(j) + '.png') Image.fromarray(img_rgb).save(img_save_path) else: img_slice = np.squeeze(img) img_slice = np.uint8((img_slice - img_slice.min()) / (img_slice.max() - img_slice.min()) * 255) img_rgb = np.stack((img_slice,)*3, axis=-1) # 保存为png格式 img_save_path = os.path.join(save_path, 'images', file_name[:-4] + '.png') Image.fromarray(img_rgb).save(img_save_path) elif file_name.endswith('.nii.gz'): # 加载nii.gz文件 label_nii = nib.load(os.path.join(data_folder, file_name)) label = label_nii.get_fdata() # 将3D标签转换为2D标签 if label.shape[-1] > 1: for j in range(label.shape[-1]): label_slice = np.squeeze(label[:, :, j]) label_slice = np.uint8(label_slice) label_save_path = os.path.join(save_path, 'labels', file_name[:-7] + '_' + str(j) + '.png') label_img = Image.fromarray(label_slice, mode='L') # 将标签灰度值转为0/1/2 label_img = label_img.point(lambda p: p * 1 if p == 1 else p * 2) label_img.save(label_save_path) else: label_slice = np.squeeze(label) label_slice = np.uint8(label_slice) label_save_path = os.path.join(save_path, 'labels', file_name[:-4] + '.png') label_img = Image.fromarray(label_slice, mode='L') # 将标签灰度值转为0/1/2 label_img = label_img.point(lambda p: p * 1 if p == 1 else p * 2) label_img.save(label_save_path) ``` 运行以上代码后,您将得到两个文件夹,一个是`images`,里面包含转换好的图像;另一个是`labels`,里面包含转换好的标签。注意,转换后的标签灰度值已经被转换为0、1、2。

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