迁移事件的数量从1到10
时间: 2024-03-08 14:49:29 浏览: 19
好的,那么首先您需要准备好SNP数据和样本信息,以及TreeMix需要的一些参数。接下来,您可以按照以下步骤来构建最大似然树:
1. 使用plink将SNP数据转换为TreeMix所需的格式,命令如下:
```
plink --bfile your_data --recode vcf-iid --out your_data_vcf
```
2. 将vcf文件转换为TreeMix所需的格式,命令如下:
```
python convertf.py -p par.PED.EIGENSTRAT.txt.par
```
其中,par.PED.EIGENSTRAT.txt.par是TreeMix的参数文件,需要根据您的数据进行相应修改。
3. 运行TreeMix,命令如下:
```
treemix -i your_data_vcf.geno.gz -m 10 -o your_output -k 1000 -global -se -bootstrap
```
其中,-i指定输入文件,-m指定迁移事件的数量,-o指定输出文件名,-k指定使用的SNP数量,-global表示全局模型,-se表示使用标准误作为权重,-bootstrap表示进行1000次bootstrap检验。
4. 查看结果,命令如下:
```
plot_tree.R your_output.pdf your_output.gz your_data_vcf.geno.gz your_sample_info.txt
```
其中,-pdf指定输出图像格式,-gz指定输入文件,-txt指定样本信息文件。
希望这些步骤能对您有所帮助!