Trimmomatic使用详解

Trimmomatic是一个常用的序列质量控制工具，可以用于去除Illumina测序数据中的低质量序列、接头序列和含有N的序列。下面是Trimmomatic的使用详解：

1. 安装Trimmomatic

Trimmomatic可以从官网下载并安装，也可以通过conda等包管理工具安装。

2. 准备数据

将需要处理的fastq文件放在同一个文件夹中，可以是单末端或者双端测序数据。

3. 运行Trimmomatic

Trimmomatic可以通过命令行或者脚本来运行，在命令行中输入以下命令：

单末端测序：

java -jar trimmomatic.jar SE -phred33 input.fastq output.fastq LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50

双端测序：

java -jar trimmomatic.jar PE -phred33 input_R1.fastq input_R2.fastq output_R1.fastq unpaired_R1.fastq output_R2.fastq unpaired_R2.fastq LEADING:20 TRAILING:20 SLIDINGWINDOW:4:20 MINLEN:50

解释一下参数的含义：

- SE/PE：单末端/双端测序数据。
- -phred33：数据的质量值是采用Phred+33还是Phred+64编码的。
- input.fastq/input_R1.fastq/input_R2.fastq：输入文件名。
- output.fastq/output_R1.fastq/output_R2.fastq：输出文件名。
- unpaired_R1.fastq/unpaired_R2.fastq：未配对的序列输出文件名。
- LEADING:20：去除序列头部的质量低于20的碱基。
- TRAILING:20：去除序列尾部的质量低于20的碱基。
- SLIDINGWINDOW:4:20：采用滑动窗口的方式去除质量低于20的碱基，窗口大小为4个碱基，平均质量值低于20的碱基会被去除。
- MINLEN:50：去除长度小于50的序列。

4. 查看结果

Trimmomatic会输出处理后的fastq文件，可以用fastqc等工具查看序列的质量情况。