汇总多重插补后的每个数据集的广义加性模型结果,画出rr的变化趋势图
时间: 2024-03-20 10:43:59 浏览: 222
可以使用mice包中的with函数和pool函数对多重插补后的每个数据集的广义加性模型结果进行汇总,并使用ggplot2包画出RR值的变化趋势图。下面是一个示例代码:
```R
#加载mice和ggplot2包
library(mice)
library(ggplot2)
#创建一个含有缺失值的数据集
data <- data.frame(x1 = c(1, 2, NA, 4, 5),
x2 = c(NA, 2, 3, NA, 5),
x3 = c(1, 2, 3, NA, 5))
#进行多重插补
imputed_data <- mice(data, m = 5, maxit = 50, meth = c("pmm", "pmm", "pmm"))
#拟合广义加性模型并汇总
fit_list <- with(imputed_data, list(gam(x3 ~ s(x1) + s(x2), data = complete(imputed_data, 1)),
gam(x3 ~ s(x1) + s(x2), data = complete(imputed_data, 2)),
gam(x3 ~ s(x1) + s(x2), data = complete(imputed_data, 3)),
gam(x3 ~ s(x1) + s(x2), data = complete(imputed_data, 4)),
gam(x3 ~ s(x1) + s(x2), data = complete(imputed_data, 5))))
fit_pool <- pool(fit_list)
#获取RR值的变化趋势
rr_trend <- with(imputed_data, sapply(1:m, function(i) {
fit_i <- gam(x3 ~ s(x1) + s(x2), data = complete(imputed_data, i))
exp(coef(fit_i)["s(x2)"]) / exp(coef(fit_i)["s(x1)"])
}))
#画出RR值的变化趋势图
ggplot(data.frame(rr = rr_trend, imp = 1:m), aes(x = imp, y = rr)) +
geom_line() +
xlab("Imputation") +
ylab("RR") +
ggtitle("RR Trend")
```
在上面的示例代码中,我们首先加载了mice和ggplot2包,并创建了一个包含缺失值的数据集。然后,使用mice函数对数据进行多重插补,并使用complete函数获取了插补后的完整数据集。接着,针对每个完整数据集,使用gam函数拟合了广义加性模型,并将每个模型的结果存储在一个列表中。使用pool函数对模型结果进行汇总,并通过sapply函数获取每个完整数据集的RR值。最后,使用ggplot2包画出RR值的变化趋势图。
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