cpm算法的c语言实现

CPM (Cyclic Peptide Matching) 算法是一种用于在蛋白质序列中寻找循环肽的算法。下面是一个简单的C语言实现：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

#define MAX_LEN 1000 // 最大序列长度

int cpm(char seq[], int len) {
    int i, j, k;
    int shift[MAX_LEN];
    memset(shift, -1, sizeof(shift));

    for (i = 1, j = -1; i < len; i++) {
        while (j >= 0 && seq[j + 1] != seq[i])
            j = shift[j];
        if (seq[j + 1] == seq[i])
            j++;
        shift[i] = j;
    }

    for (i = 0, j = -1, k = len - 1; i < len; i++) {
        while (j >= 0 && seq[j + 1] != seq[i])
            j = shift[j];
        if (seq[j + 1] == seq[i])
            j++;
        if (i < k && j >= k - len)
            return len - (k - j);
        if (j == len - 1)
            k = i;
    }

    return len;
}

int main() {
    char seq[MAX_LEN];
    printf("请输入序列：");
    scanf("%s", seq);
    int len = strlen(seq);
    int result = cpm(seq, len);
    printf("循环肽长度为：%d\n", result);
    return 0;
}

使用方法：

1. 编译代码：`gcc cpm.c -o cpm`
2. 运行程序：`./cpm`
3. 输入蛋白质序列，如：`ACDEFGHIGKLMN`
4. 程序输出循环肽的长度。