用 dbSNP 数据库中 snp 染色体上位置更新 Hapmap 中 snp 的位置，首先从原始数据中提取 snp 的 rs 号和其在染色体上的位置，条件为组别标签 (22 列)为 GRCh37.p5（GRCh37.p5 根据所提供的数据版本进行判断，做相应 调整），染色体号(7 列)为 1-22，snp 在染色体上的位置(12 列)不为空。然后， 用提取出的位置替换 Hapmp 中的 snp 的物理位置。

可以通过以下步骤将 dbSNP 数据库中 SNP 的染色体位置更新到 HapMap 数据库中：

1. 从 dbSNP 数据库中下载所有符合条件的 SNP 数据。具体地，可以使用以下 SQL 查询语句：

   SELECT rs_id, chrom, chrom_start, chrom_end
   FROM snp
   WHERE batch_id = 'GRCh37.p5'
     AND chrom >= '1' AND chrom <= '22'
     AND chrom_start IS NOT NULL;

该查询语句将返回符合条件的 SNP 的 rs 号、染色体号和起始位置、终止位置等信息。

2. 从 HapMap 数据库中下载所有 SNP 的信息，包括 SNP 的 rs 号、染色体号和物理位置等。

3. 对于每个 HapMap SNP，找到 dbSNP 中具有相同 rs 号的 SNP，如果找到则用 dbSNP 中的物理位置替换 HapMap 中的物理位置。

4. 更新 HapMap 数据库中 SNP 的位置信息后，可以使用其他工具和技术来更新基因型数据和其他相关信息。

需要注意的是，由于 dbSNP 和 HapMap 数据库中使用的基因组版本可能不同，因此需要对位置信息进行转换和调整。另外，如果 dbSNP 中不存在某个 HapMap SNP 的信息，或者无法确定它们是否代表同一个 SNP，则需要进行进一步的分析和处理。

相关问题

用 dbSNP 数据库中 snp 染色体上位置更新 Hapmap 中 snp 的位置

在更新 HapMap 数据库中 SNP 的位置时，可以使用 dbSNP 数据库中的信息来进行更新。以下是一些可能的步骤：

1. 从 dbSNP 数据库中下载 SNP 的位置信息，包括 SNP 的染色体位置、起始位置和终止位置等。

2. 从 HapMap 数据库中下载 SNP 的位置信息，包括 SNP 的染色体位置和起始位置等。

3. 对于每个 HapMap SNP，找到 dbSNP 中最接近的 SNP，这可以通过比较它们的染色体位置和距离来实现。

4. 如果 dbSNP SNP 和 HapMap SNP 的位置非常接近（例如相差不到 1000 个碱基对），则可以将它们视为同一个 SNP，更新 HapMap SNP 的位置和其他相关信息。

5. 如果 dbSNP SNP 和 HapMap SNP 的位置差异较大，则需要进一步检查它们的基因型数据，以确定它们是否代表同一个 SNP。

6. 更新 HapMap 数据库中 SNP 的位置信息后，可以使用其他工具和技术来更新基因型数据和其他相关信息。

dbsnp的原始数据中上下两行组合在一起形成表格的列名，在导入R时怎么能让列名显示正常呢

如果您在导入dbsnp数据时发现列名显示不正常，可以考虑使用以下方法进行调整：

1. 在读取数据时，将`header`参数设置为`TRUE`，表示将第一行作为列名。

2. 如果第一行的列名和第二行的列名被合并在一起，可以使用`sep`参数指定分隔符，将它们分开。比如：

   dbsnp <- read.table("dbsnp.txt", header = TRUE, sep = "\t")

这里假设原始数据中使用的是制表符作为分隔符。

3. 如果您还发现列名中包含了特殊字符，比如空格、点号、括号等，可以使用`make.names()`函数将它们转换成合法的R变量名。比如：

   colnames(dbsnp) <- make.names(colnames(dbsnp))

这里将`dbsnp`的列名使用`make.names()`函数进行转换后，重新赋值给`colnames(dbsnp)`。这样就可以将不合法的列名转换成合法的R变量名，并且保留原始列名的意义。