用python写一段从pdb文件中计算蛋白质球度的代码

以下是一个简单的Python代码，可以从PDB文件中计算蛋白质球度：

import Bio.PDB

def calculate_protein_sphericity(pdb_file):
    parser = Bio.PDB.PDBParser()
    structure = parser.get_structure('protein', pdb_file)
    model = structure[0]
    atoms = Bio.PDB.Selection.unfold_entities(model, 'A')
    coords = [atom.get_coord() for atom in atoms]
    center = sum(coords) / len(coords)
    distances = [Bio.PDB.Vector(coord - center).norm() for coord in coords]
    radius = sum(distances) / len(distances)
    volume = 4/3 * 3.14 * radius**3
    surface_area = 4 * 3.14 * radius**2
    sphericity = surface_area**1.5 / (36 * 3.14 * volume**2)
    return sphericity

这个函数使用Biopython库来解析PDB文件，并计算蛋白质的球度。你可以将PDB文件的路径作为函数的参数传递给它，例如：

sphericity = calculate_protein_sphericity('1AKE.pdb')
print(sphericity)

这将计算1AKE.pdb文件中的蛋白质球度，并将结果打印出来。