for i in `seq 2 15` do python3 image_crop.py --image_file ${dataroot}/$i/Ottawa-$i.tif --save_path ${save_folder}/train_image python3 image_crop.py --image_file ${dataroot}/$i/segmentation.png --save_path ${save_folder}/train_segment python3 image_crop.py --image_file ${dataroot}/$i/edge.png --save_path ${save_folder}/train_edge python3 image_crop.py --image_file ${dataroot}/$i/centerline.png --save_path ${save_folder}/train_centerline done
时间: 2024-04-07 10:31:40 浏览: 20
这是一个带有循环的 Bash 脚本,它的作用是对 `$dataroot` 目录下的 2-15 号 Ottawa-$i.tif 图像及其对应的 segmentation.png、edge.png 和 centerline.png 进行裁剪,将裁剪后的图像、分割图、边缘图和中心线图分别保存到 `${save_folder}/train_image`、`${save_folder}/train_segment`、`${save_folder}/train_edge` 和 `${save_folder}/train_centerline` 目录中。
相关问题
Generating mct:dv:bb_env-ral:0.1 Calling tool in ralgen.py: /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/flow/dv/tools/ralgen/../../../../util/regtool.py -s -t /tmp/mct_dv_bb_env-ral_0.1f1pfpnd1 /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/design/bb/dv/env/../../data/bb.hjson RAL pkg for bb written to /tmp/mct_dv_bb_env-ral_0.1f1pfpnd1. INFO: Wrote dependency graph to /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/scratch/default/gnss_top-sim-vcs/default/sim-vcs/mct_dv_bb_sim_0.1.deps-after-generators.dot WARNING: The file ../../include/yuu_ahb_interface.svi in /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv/ahb_env.core is not within the directory containing the core file. This is deprecated and will be an error in a future FuseSoC version. A typical solution is to move core file into the root directory of the IP block it describes. WARNING: The file ../../include/yuu_ahb_pkg.sv in /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv/ahb_env.core is not within the directory containing the core file. This is deprecated and will be an error in a future FuseSoC version. A typical solution is to move core file into the root directory of the IP block it describes. ERROR: Setup failed : Cannot find seq_lib/ahb_base_seq.sv in : /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv /hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv
根据你提供的日志信息,错误发生在以下行:
```
ERROR: Setup failed : Cannot find seq_lib/ahb_base_seq.sv in :
/hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv
/hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv
```
这个错误表示在指定的路径下找不到`seq_lib/ahb_base_seq.sv`文件。根据错误信息,该文件未被正确地放置在以下路径之一:
- `/hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv`
- `/hpc/simulation/jzhou/awakening_soc/infra/verif/uvc/yuu_ahb/src/sv`
要解决这个问题,可以尝试以下几步:
1. 确保`seq_lib/ahb_base_seq.sv`文件存在于指定的路径中。检查文件的拼写和路径是否正确。
2. 确保路径中的文件和目录权限设置正确,确保文件可以被读取和访问。
3. 如果文件确实存在于指定路径中,但仍然报错,请检查其他可能的配置文件或设置,以确保它们正确指向该文件。
请根据你的具体情况检查和调整文件的位置和路径设置,以解决这个问题。如果你能提供更多的代码上下文或相关信息,我可以给出更具体的建议。
检查并解释代码:#!/bin/bash #bwa ID=$(cat ID_list.txt) sample=$(cat sample_list.txt) for /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam in $ID $sample do echo $ /date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam done
这是一个 Bash 脚本,用于运行 BWA 软件进行测序数据比对。下面是代码的解释和修正:
```
#!/bin/bash
# 读取 ID 和样品名列表
ID=$(cat ID_list.txt)
sample=$(cat sample_list.txt)
# 循环运行 BWA 进行比对
for ID_sample in "${ID[@]} ${sample[@]}"; do
# 运行 BWA,将比对结果存储为 SAM 文件
/date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R "@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam
# 输出 BWA 命令
echo "/date/lizichen/software/bwa-0.7.17/bwa mem -t 4 -R \"@RG\tID:${ID_sample}\tPL:ILLUMINA\tSM:${sample}\" /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/GDDH13_1-1_formatted.fasta /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.1.fq.gz /date/lizichen/RAD-Seq/${sample}-I.2.fq.gz > /date/lizichen/RAD-Seq/bwaout.file/sam/${sample}.sam"
done
```
修正后的代码中,`ID` 和 `sample` 分别改为数组类型,循环变量 `ID_sample` 用于遍历两个数组。在循环中,运行 BWA 进行比对,将比对结果存储为 SAM 文件。同时,输出 BWA 命令,方便调试和排错。
相关推荐
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)