R cv.glmnet结果中的cvm 怎么计算的，自编代码

在R中使用`cv.glmnet()`函数进行LASSO或Elastic Net正则化的线性回归时，`cv.glmnet()`函数会自动进行交叉验证，并输出一些结果，其中包括平均的交叉验证误差（`cvm`）。

`cvm`是通过在数据集中进行k折交叉验证来计算的。具体地，`cv.glmnet()`函数会将数据集随机分成k个子集，每个子集都会轮流作为测试集进行模型拟合和预测，其余的k-1个子集则作为训练集。这样就可以得到k个交叉验证误差，将其求平均值即为`cvm`。

下面是一个自编代码的例子，实现了对给定数据集进行LASSO回归，并计算交叉验证误差（`cvm`）：

library(glmnet)

# 加载数据集
data(iris)
x <- as.matrix(iris[,1:4])
y <- iris[,5]

# 设置交叉验证的折数
k <- 10

# 进行LASSO回归，并进行交叉验证
cv.fit <- cv.glmnet(x, y, alpha=1, nfolds=k, type.measure="mse")

# 计算交叉验证误差（cvm）
cvm <- cv.fit$cvm

# 输出结果
cat("交叉验证误差（cvm）:", cvm)

注意：这只是一个简单的例子，实际使用时需要根据具体情况进行修改。

相关问题

在运行以下R代码时：# 分别绘制三组岭回归的图 # 绘制第一组交叉验证误差图 ggplot(data = data.frame(lambda = cv1$glmnet.fit$lambda, cvm = cv1$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for First Model") # 绘制第一组预测误差图 yhat1 <- predict(ridge1, s = cv1$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat1), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for First Model") # 绘制第二组交叉验证误差图 ggplot(data = data.frame(lambda = cv2$glmnet.fit$lambda, cvm = cv2$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for Second Model") # 绘制第二组预测误差图 yhat2 <- predict(ridge2, s = cv2$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat2), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for Second Model") # 绘制第三组交叉验证误差图 ggplot(data = data.frame(lambda = cv3$glmnet.fit$lambda, cvm = cv3$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for Third Model") # 绘制第三组预测误差图 yhat3 <- predict(ridge3, s = cv3$glmnet.fit$lambda.1se, newx = X) ggplot(data.frame(y = y, yhat = yhat3), aes(x = y, y = yhat)) + geom_abline() + geom_point() + labs(title = "Predicted vs. Actual Plot for Third Model")。发生以下错误：Error in data.frame(lambda = cv1$glmnet.fit$lambda, cvm = cv1$glmnet.fit$cvm) : 参数值意味着不同的行数: 100, 0。请对原代码进行修正

这个错误发生在第一组交叉验证误差图的代码中，可能是由于cv1$glmnet.fit$cvm为空而导致的。为了修正这个错误，你可以添加一个条件语句来检查cvm是否为空，如果不为空再绘制图形，代码如下：

if (!is.null(cv1$glmnet.fit$cvm)) {
  ggplot(data = data.frame(lambda = cv1$glmnet.fit$lambda, cvm = cv1$glmnet.fit$cvm), aes(x = log(lambda), y = cvm)) + 
    geom_line() + scale_x_reverse() + labs(title = "Cross-validation Error Plot for First Model")
}

你也可以为每组图形添加这样的条件语句，以确保安全地绘制图形。

请对以下R代码进行优化，画图使用ggplot2：set.seed(123) data <- matrix(rnorm(50*30), nrow = 50, ncol = 30) library(glmnet) x <- data[,1:29] y <- data[,30] fit1 <- cv.glmnet(x, y, alpha = 1, nfolds = 10) fit2 <- cv.glmnet(x, y+rnorm(50), alpha = 1, nfolds = 10) fit3 <- cv.glmnet(x, y+rnorm(50,mean=2), alpha = 1, nfolds = 10) cv1 <- min(fit1$cvm) cv2 <- min(fit2$cvm) cv3 <- min(fit3$cvm) par(mfrow=c(3,2)) plot(fit1$lambda, fit1$cvm, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Model 1") abline(v=fit1$lambda.min, col="red") plot(fit1$lambda, fit1$glmnet.fit$dev.ratio, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Model 1") abline(v=fit1$lambda.min, col="red") plot(fit2$lambda, fit2$cvm, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Model 2") abline(v=fit2$lambda.min, col="red") plot(fit2$lambda, fit2$glmnet.fit$dev.ratio, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Model 2") abline(v=fit2$lambda.min, col="red") plot(fit3$lambda, fit3$cvm, type="l", xlab="lambda", ylab="CV error", main="Model 3") abline(v=fit3$lambda.min, col="red") plot(fit3$lambda, fit3$glmnet.fit$dev.ratio, type="l", xlab="lambda", ylab="Prediction error", main="Model 3") abline(v=fit3$lambda.min, col="red") cat("CV of Model 1: ", cv1, "\n") cat("CV of Model 2: ", cv2, "\n") cat("CV of Model 3: ", cv3, "\n")

可以使用 ggplot2 包来画图，同时可以使用 apply() 函数来避免重复的代码。以下是优化后的代码：

set.seed(123) 
data <- matrix(rnorm(50*30), nrow = 50, ncol = 30) 
library(glmnet) 
x <- data[,1:29] 
y <- data[,30] 
fit1 <- cv.glmnet(x, y, alpha = 1, nfolds = 10) 
fit2 <- cv.glmnet(x, y+rnorm(50), alpha = 1, nfolds = 10) 
fit3 <- cv.glmnet(x, y+rnorm(50,mean=2), alpha = 1, nfolds = 10) 
cv1 <- min(fit1$cvm) 
cv2 <- min(fit2$cvm) 
cv3 <- min(fit3$cvm) 

library(ggplot2)

# define a function to plot CV and Prediction errors
plot_errors <- function(fit, model){
  p1 <- ggplot() +
    geom_line(aes(x = fit$lambda, y = fit$cvm), color = "blue") +
    geom_vline(xintercept = fit$lambda.min, color = "red") +
    xlab("lambda") +
    ylab("CV error") +
    ggtitle(paste0("Model ", model))
  
  p2 <- ggplot() +
    geom_line(aes(x = fit$lambda, y = fit$glmnet.fit$dev.ratio), color = "blue") +
    geom_vline(xintercept = fit$lambda.min, color = "red") +
    xlab("lambda") +
    ylab("Prediction error") +
    ggtitle(paste0("Model ", model))
  
  plot_grid(p1, p2, ncol = 2)
}

# plot the errors for each model
plot_list <- lapply(list(fit1, fit2, fit3), function(fit) plot_errors(fit, which(list(fit1, fit2, fit3) == fit)))

# print the CV errors
cat("CV of Model 1: ", cv1, "\n")
cat("CV of Model 2: ", cv2, "\n")
cat("CV of Model 3: ", cv3, "\n")

# arrange and print the plots
plot_grid(plotlist = plot_list, ncol = 2)

这段代码首先定义了一个 `plot_errors()` 函数，用于绘制 CV error 和 Prediction error 的图形。然后，使用 `lapply()` 函数和一个列表，循环调用该函数来绘制每个模型的图形。最后，使用 `plot_grid()` 函数将所有的图形整合在一起。