Partial Least Squares (PLS)方法中的变量重要性(VIP)分析,用python实现
时间: 2024-04-29 07:26:38 浏览: 333
sMC,PLS 中的变量重要性选择 - 偏最小二乘法:变量选择与 VIP 和 SR 的显着性多元相关性 (sMC)-matlab开发
好的,你的第一个问题是如何用Python实现Partial Least Squares (PLS)方法中的变量重要性(VIP)分析。
首先,让我们先导入必要的库:
```python
import numpy as np
from sklearn.cross_decomposition import PLSRegression
```
接下来,我们需要准备一些数据来进行VIP分析。我将使用scikit-learn自带的diabetes数据集作为示例数据。我们需要将数据分为X和y,其中X包含了所有自变量,y包含了响应变量(也就是我们希望预测的变量)。
```python
from sklearn.datasets import load_diabetes
diabetes = load_diabetes()
X = diabetes.data
y = diabetes.target
```
现在我们可以使用PLSRegression来对数据进行建模。我们将使用2个潜在变量以提高模型的准确性。
```python
pls2 = PLSRegression(n_components=2)
pls2.fit(X, y)
```
接下来,我们可以使用VIP函数来计算每个自变量的VIP分数。注意,VIP分数用于衡量每个自变量在建立PLS模型时的重要性。
```python
t = pls2.x_scores_
w = pls2.x_weights_
q = pls2.y_loadings_
p, c, coeff = pls2.coef_, pls2.y_mean_, pls2.x_mean_
t_pca = np.dot(X - np.mean(X, axis=0), w)
pctVarX = np.var(t_pca, axis=0)
pctVarX /= np.sum(pctVarX)
vip = np.sqrt(p.shape[1] * np.dot(p, (c * coeff) ** 2)) / np.linalg.norm(y - np.dot(X, pls2.coef_), axis=0) * np.sqrt(pctVarX)
```
现在,我们可以查看每个自变量的VIP分数。
```python
for i, v in enumerate(vip):
print('Variable {}: VIP = {:.2f}'.format(i, v))
```
输出结果将显示每个自变量的VIP分数。
希望这个回答对你有帮助。
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