对sklearn内置的乳腺癌数据集进行PCA降维,并可视化的代码
时间: 2023-06-15 14:04:10 浏览: 257
以下是对sklearn内置的乳腺癌数据集进行PCA降维,并可视化的Python代码:
```python
from sklearn.datasets import load_breast_cancer
from sklearn.decomposition import PCA
import matplotlib.pyplot as plt
# 加载乳腺癌数据集
data = load_breast_cancer().data
# 对数据进行PCA降维
pca = PCA(n_components=2)
reduced_data = pca.fit_transform(data)
# 绘制降维后的数据
plt.scatter(reduced_data[:, 0], reduced_data[:, 1], c=load_breast_cancer().target)
plt.xlabel('PCA Component 1')
plt.ylabel('PCA Component 2')
plt.show()
```
这段代码中,我们首先通过`load_breast_cancer()`函数加载了乳腺癌数据集,然后使用`PCA`类对数据进行降维。在这里,我们将数据降到了2个维度,即`n_components=2`。最后,我们使用`matplotlib`库将降维后的数据可视化。其中,颜色表示数据点所对应的类别,0代表恶性肿瘤,1代表良性肿瘤。
相关问题
对乳腺癌数据集进行PCA降维,并可视化的代码
首先需要导入数据集和需要的库:
```python
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
# 读取数据集
data = pd.read_csv('breast_cancer.csv')
# 去除无用列
data.drop(['id', 'Unnamed: 32'], axis=1, inplace=True)
# 将M和B转换成数字
data.diagnosis = data.diagnosis.map({'M':1, 'B':0})
# 分离标签和特征
X = data.iloc[:, 1:].values
y = data.iloc[:, 0].values
```
接着进行特征缩放,将数据集进行标准化:
```python
scaler = StandardScaler()
X = scaler.fit_transform(X)
```
然后进行PCA降维:
```python
pca = PCA(n_components=2)
X_pca = pca.fit_transform(X)
```
最后进行可视化:
```python
plt.scatter(X_pca[:, 0], X_pca[:, 1], c=y)
plt.xlabel('First Principal Component')
plt.ylabel('Second Principal Component')
plt.show()
```
完整代码如下:
```python
import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.preprocessing import StandardScaler
# 读取数据集
data = pd.read_csv('breast_cancer.csv')
# 去除无用列
data.drop(['id', 'Unnamed: 32'], axis=1, inplace=True)
# 将M和B转换成数字
data.diagnosis = data.diagnosis.map({'M':1, 'B':0})
# 分离标签和特征
X = data.iloc[:, 1:].values
y = data.iloc[:, 0].values
# 特征缩放
scaler = StandardScaler()
X = scaler.fit_transform(X)
# PCA降维
pca = PCA(n_components=2)
X_pca = pca.fit_transform(X)
# 可视化
plt.scatter(X_pca[:, 0], X_pca[:, 1], c=y)
plt.xlabel('First Principal Component')
plt.ylabel('Second Principal Component')
plt.show()
```
这样就可以得到一个二维的可视化结果,表示乳腺癌数据集的降维情况。
使用PCA、Isomap对乳腺癌数据集进行降维并进行可视化
好的,我可以为您解答这个问题。
首先,我们需要加载乳腺癌数据集,并将其分为特征和标签。
```python
from sklearn.datasets import load_breast_cancer
import numpy as np
data = load_breast_cancer()
X = data.data
y = data.target
```
接下来,我们使用PCA和Isomap对数据进行降维,并将结果可视化。
```python
import matplotlib.pyplot as plt
from sklearn.decomposition import PCA
from sklearn.manifold import Isomap
# 使用PCA进行降维
pca = PCA(n_components=2)
X_pca = pca.fit_transform(X)
# 使用Isomap进行降维
isomap = Isomap(n_components=2)
X_isomap = isomap.fit_transform(X)
# 可视化PCA和Isomap的结果
plt.figure(figsize=(10, 5))
plt.subplot(121)
plt.scatter(X_pca[:, 0], X_pca[:, 1], c=y)
plt.title('PCA')
plt.subplot(122)
plt.scatter(X_isomap[:, 0], X_isomap[:, 1], c=y)
plt.title('Isomap')
plt.show()
```
这段代码将会生成一个大小为10x5的画布,其中包含两个子图。左边的子图显示了使用PCA进行降维后的结果,右边的子图显示了使用Isomap进行降维后的结果。每个数据点的颜色表示其所属的类别。
您可以根据需要进一步调整PCA和Isomap的参数,以达到更好的降维效果。