帮我改一下代码f=open("D:/QLNU/writing/homework/BI/20230531/test.fasta","r+") fs=open("D:/QLNU/writing/homework/BI/20230531/test_expansion.fasta","w+") i=1 name=[] def complement(tem): for n in (1,len(tem)+1): if tem[n-1]=="A": return "T" elif tem[n-1]=="C": return "G" elif tem[n-1]=="G": return "C" elif tem[n-1]=="T": return "A" for line in f: if i%2==0: i+=1 fs.write(line) fs.write(name[len(name)-1]+"_reverse") fs.write(line[::-1]) fs.write(name[len(name)-1]+"_reverse-complement") fs.write(complement(line)) print(line) else: name.append(line) fs.close()
时间: 2024-02-25 15:54:26 浏览: 104
fxtools:fxtools
好的,这里有一些需要改进的地方:
1. 在 `complement` 函数中,循环应该是 `for n in range(1, len(tem)+1):`,而不是 `for n in (1, len(tem)+1):`,否则循环只会执行一次。
2. 在 `complement` 函数中,应该使用 `if-elif-else` 的结构,而不是多个 `if` 语句,因为每个序列只会匹配到一个条件,多个 `if` 语句会逐一判断每个条件,浪费时间和计算资源。
3. 在 `complement` 函数中,应该使用一个空字符串变量 `compl_seq` 来存储反向互补序列,然后在循环内部逐步将转换后的字符添加到该变量中,最后返回该变量。否则,每次执行 `return` 语句时,函数会直接结束,导致只有反向互补序列的第一个字符被转换。
下面是修改后的代码:
```
f = open("D:/QLNU/writing/homework/BI/20230531/test.fasta", "r")
fs = open("D:/QLNU/writing/homework/BI/20230531/test_expansion.fasta", "w")
i = 1
name = []
def complement(tem):
compl_seq = ""
for n in range(1, len(tem)+1):
if tem[n-1] == "A":
compl_seq += "T"
elif tem[n-1] == "C":
compl_seq += "G"
elif tem[n-1] == "G":
compl_seq += "C"
else:
compl_seq += "A"
return compl_seq[::-1]
for line in f:
if i % 2 == 0:
fs.write(line)
fs.write(name[-1].strip() + "_reverse\n")
fs.write(line[::-1])
fs.write(name[-1].strip() + "_reverse-complement\n")
fs.write(complement(line))
else:
name.append(line)
i += 1
f.close()
fs.close()
```
修改后的代码中,我还做了一些其他的改进:
1. 在输出文件中,序列名称后面添加了一个换行符,以符合 fasta 文件的格式。
2. 在读取序列名称时,使用 `name[-1].strip()` 来去除序列名称中的空格和换行符,以避免在输出文件中出现额外的空格和换行符。
阅读全文