lammps压缩盒子增大密度的in文件示例

以下是一个LAMMPS的in文件示例，该文件展示了如何通过压缩盒子来增加系统的密度：

# Lammps input script for compressing a box and increasing density

# Initialization
units           lj
dimension       3
boundary        p p p
atom_style      atomic
read_data       data.lj

# Define variables
variable        dx equal 0.01
variable        dy equal 0.01
variable        dz equal 0.01
variable        steps equal 1000

# Define groups
group           all type 1

# Define settings
pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5
neighbor        0.3 bin
neigh_modify    delay 0 every 1 check yes

# Define output
thermo_style    custom step temp press density
thermo          1000

# Compress box
fix             1 all npt temp 1.0 1.0 100.0 iso 0.0 0.0 1000.0 drag 1.0
variable        lx equal lx*(1+${dx}*${steps})
variable        ly equal ly*(1+${dy}*${steps})
variable        lz equal lz*(1+${dz}*${steps})
change_box      all x final 0.0 ${lx} y final 0.0 ${ly} z final 0.0 ${lz} remap
unfix           1

# Run simulation
run             10000

该文件使用LAMMPS中的fix命令来实现压缩盒子的功能。其中，变量dx、dy和dz定义了每一步盒子的压缩量，变量steps定义了压缩的步数。fix 1命令将系统保持在NPT系综中，同时压缩盒子，直到达到指定的步数。然后，使用change_box命令来更新盒子的大小，以达到所需的密度。最后，运行10000个时间步长以达到平衡状态。