> go <- enrichGO(gene =entrezid, OrgDb = "org.Osativa.eg.db", ont = "ALL", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, keyType = "SYMBOL") Error in get_GO_data(OrgDb, ont, keyType) : keytype is not supported...怎么解决
时间: 2024-03-11 10:45:09 浏览: 16
这个错误提示是因为你指定的keyType参数不被支持。在clusterProfiler中,keyType参数用于指定输入的基因ID类型,目前支持的类型包括ENTREZID、ENSEMBL、SYMBOL和ENSEMBLPROT等。如果你的输入基因ID类型不在这些类型中,就会出现该错误。
解决这个问题的方法是检查输入的基因ID类型是否正确,并根据实际情况选择合适的类型。比如,如果你的输入基因ID是Entrez ID,就应该将keyType参数设置为"ENTREZID",而不是"SYMBOL"。具体可以查看你输入的基因ID类型,然后修改keyType参数的值。
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> go <- enrichGO(gene =entrezid, OrgDb = "org.Osativa.eg.db", ont = "ALL", pvalueCutoff = 0.05, qvalueCutoff = 0.05, keyType = "ENTREZID") Error in get_GO_data(OrgDb, ont, keyType) : keytype is not supported...
这个错误提示可能是因为你的keyType参数的值不正确。在clusterProfiler中,keyType参数用于指定输入的基因ID类型,目前支持的类型包括ENTREZID、ENSEMBL、SYMBOL和ENSEMBLPROT等。如果你的输入基因ID类型不在这些类型中,就会出现该错误。
解决这个问题的方法是检查输入的基因ID类型是否正确,并根据实际情况选择合适的类型。比如,如果你的输入基因ID是Entrez ID,就应该将keyType参数设置为"ENTREZID",而不是"ALL"。具体可以查看你输入的基因ID类型,然后修改keyType参数的值。
ego <- enrichGO(gene = DEG$ENTREZID, OrgDb = org.Hs.eg.db, ont = "all", pAdjustMethod = "BH", minGSSize = 1, pvalueCutoff =0.05, qvalueCutoff =0.05, readable = TRUE)barplot(ego, showCategory = 10,color = "pvalue") 输出结果的纵坐标是啥
barplot(ego, showCategory = 10, color = "pvalue")中输出结果的纵坐标是"GO terms",也就是基因本体论(Gene Ontology)的注释名称。GO terms是一种对基因和蛋白质功能进行描述的标准化分类体系,可帮助研究人员更好地理解生物系统的功能和相互作用。在这段代码中,它们被用来分析差异表达基因在GO term上的富集情况。