python代码:基因型数据集CSV文件,83列,具体1个分类标签值(5个分类),82个特征,第一行为特征名称;基于随机森林模型进行嵌入式特征选择(带有特征名称的 SelectFromModel),遴选出候选特征,输出结果为CSV文件;输出候选特征基于重要性排序的图片和CSV文件;逐步增加基于重要性排序的已候选特征数量,使用十折交叉验证计算分类正确率,并绘制学习曲线图和CSV文件

时间: 2024-04-16 18:24:44 浏览: 32
以下是符合你需求的Python代码示例: ```python import pandas as pd import numpy as np from sklearn.ensemble import RandomForestClassifier from sklearn.feature_selection import SelectFromModel from sklearn.model_selection import cross_val_score import matplotlib.pyplot as plt # 1. 加载数据集 data = pd.read_csv('genotype_dataset.csv') X = data.iloc[:, 1:] # 特征 y = data.iloc[:, 0] # 标签 feature_names = X.columns.tolist() # 特征名称 # 2. 数据预处理(如果有需要) # 3. 特征选择 rf = RandomForestClassifier(n_estimators=100, random_state=42) rf.fit(X, y) feature_importances = rf.feature_importances_ selector = SelectFromModel(rf, threshold='median', prefit=True) X_selected = selector.transform(X) selected_features = np.array(feature_names)[selector.get_support()] # 4. 输出结果为CSV文件(候选特征) selected_data = pd.concat([y, pd.DataFrame(X_selected, columns=selected_features)], axis=1) selected_data.to_csv('selected_features.csv', index=False) # 5. 输出候选特征基于重要性排序的图片和CSV文件 feature_importances_df = pd.DataFrame({'Feature': selected_features, 'Importance': feature_importances[selector.get_support()]}) feature_importances_df = feature_importances_df.sort_values(by='Importance', ascending=False) feature_importances_df.to_csv('feature_importances.csv', index=False) plt.figure(figsize=(10, 6)) plt.barh(feature_importances_df['Feature'], feature_importances_df['Importance']) plt.xlabel('Importance') plt.ylabel('Feature') plt.title('Feature Importance') plt.savefig('feature_importances.png') # 6. 逐步增加特征数量并计算十折交叉验证的分类正确率,绘制学习曲线图和CSV文件 cv_scores = [] num_features_range = range(1, len(selected_features) + 1) for num_features in num_features_range: X_subset = selected_data.iloc[:, 1:num_features+1] scores = cross_val_score(rf, X_subset, y, cv=10) cv_scores.append(scores.mean()) learning_curve_df = pd.DataFrame({'Number of Features': num_features_range, 'Cross-validated Accuracy': cv_scores}) learning_curve_df.to_csv('learning_curve.csv', index=False) plt.plot(num_features_range, cv_scores) plt.xlabel('Number of Features') plt.ylabel('Cross-validated Accuracy') plt.title('Learning Curve') plt.savefig('learning_curve.png') ``` 在以上代码中,我们使用带有特征名称的 `SelectFromModel` 进行特征选择,并将选中的特征按重要性进行排序。然后,我们将结果保存到CSV文件中,并绘制了基于重要性排序的特征重要性图表。接着,我们逐步增加特征数量,并使用十折交叉验证计算分类正确率,并绘制了学习曲线图,同时将结果保存到CSV文件中。请确保你的数据集中的特征名称与代码中的特征名称一致。另外,需要确保已安装所需的Python库(如pandas、numpy、sklearn和matplotlib)。

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