python 读取 dicom zip 文件
时间: 2024-02-17 20:58:13 浏览: 26
你可以使用pydicom库来读取和处理DICOM文件。下面是一个示例代码,演示了如何使用pydicom库来读取DICOM zip文件并将其转换为PNG文件:
```python
import os
import pydicom
from pydicom.pixel_data_handlers.util import apply_voi_lut
from PIL import Image
# 定义DICOM文件所在的文件夹路径
dicom_folder = 'path/to/dicom/folder'
# 遍历文件夹中的所有文件
for file_name in os.listdir(dicom_folder):
# 检查文件是否为zip文件
if file_name.endswith('.zip'):
# 解压缩zip文件
zip_file_path = os.path.join(dicom_folder, file_name)
unzip_folder = os.path.splitext(zip_file_path)[0]
os.makedirs(unzip_folder, exist_ok=True)
os.system(f'unzip {zip_file_path} -d {unzip_folder}')
# 遍历解压缩后的文件夹中的所有文件
for dicom_file_name in os.listdir(unzip_folder):
dicom_file_path = os.path.join(unzip_folder, dicom_file_name)
# 读取DICOM文件
ds = pydicom.dcmread(dicom_file_path)
# 提取像素数据
pixel_array = ds.pixel_array
# 应用VOI LUT
if 'VOILUTSequence' in ds:
voi_lut = ds.VOILUTSequence[0]
pixel_array = apply_voi_lut(pixel_array, voi_lut)
# 将像素数据转换为图像
image = Image.fromarray(pixel_array)
# 保存为PNG文件
png_file_path = os.path.join(unzip_folder, f'{dicom_file_name}.png')
image.save(png_file_path)
# 删除解压缩后的文件夹
os.system(f'rm -r {unzip_folder}')
```
这段代码首先遍历DICOM文件所在的文件夹,找到所有的zip文件。然后,它会解压缩每个zip文件,并遍历解压缩后的文件夹中的所有DICOM文件。对于每个DICOM文件,它会使用pydicom库读取文件,并提取像素数据。然后,它会应用VOI LUT(如果有的话),将像素数据转换为图像,并将图像保存为PNG文件。
请注意,你需要将代码中的`'path/to/dicom/folder'`替换为你实际的DICOM文件所在的文件夹路径。