3dslicer 瘤周
时间: 2023-11-21 16:58:50 浏览: 51
以下是使用3D Slicer标注瘤周的步骤:
1.加载数据:在3D Slicer中,单击“加载数据”按钮,选择要加载的数据文件夹并单击“确定”按钮。
2.选择“Segment Editor”模块:在左侧菜单中选择“Segment Editor”模块。
3.创建新的分割:单击“添加新分割”按钮,然后选择要分割的结构(例如,瘤周)。
4.开始分割:使用“绘制”工具在图像上绘制瘤周的轮廓。您可以使用不同的绘图工具,例如“阈值”或“边缘检测”,以帮助您完成分割。
5.保存分割:完成分割后,单击“保存”按钮并选择保存位置和文件名。
6.导出分割结果:单击“导出”按钮并选择要导出的文件格式(例如,NRRD或NIFTI)以导出分割结果。
以下是使用3D Slicer标注瘤周的代码示例:
```python
import slicer
# 加载数据
data_folder = "/path/to/data/folder"
slicer.util.loadVolume(data_folder + "/image.nii.gz")
slicer.util.loadLabelVolume(data_folder + "/label.nii.gz")
# 选择Segment Editor模块
segment_editor_widget = slicer.modules.SegmentEditorWidget()
# 创建新的分割
segment_editor_node = slicer.vtkMRMLSegmentEditorNode()
slicer.mrmlScene.AddNode(segment_editor_node)
segment_editor_widget.setMRMLSegmentEditorNode(segment_editor_node)
segmentation_node = slicer.vtkMRMLSegmentationNode()
slicer.mrmlScene.AddNode(segmentation_node)
segment_editor_widget.setMRMLSegmentationNode(segmentation_node)
segment_editor_widget.setActiveEffectByName("Draw")
# 开始分割
# 使用绘制工具绘制瘤周的轮廓
# 保存分割
slicer.util.saveNode(segmentation_node, "/path/to/segmentation.nrrd")
# 导出分割结果
slicer.util.saveNode(segmentation_node.GetBinaryLabelmapRepresentation(0), "/path/to/segmentation_labelmap.nii.gz")
```
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