biopython计算SASA
时间: 2024-04-26 21:26:12 浏览: 17
可以使用Python的biopython库来计算SASA(可溶解表面积)。在biopython库中,可以使用`Bio.PDB`模块来计算蛋白质的SASA值。具体来说,可以使用`Bio.PDB.SASA`类来计算SASA值。该类使用的是DSSP算法来计算SASA值,DSSP是一种常用的方法来计算蛋白质的二级结构和溶解表面积。
以下是一个简单的示例代码,展示了如何使用biopython库计算蛋白质的SASA值:
```
from Bio.PDB import PDBParser
from Bio.PDB.SASA import SASA
# 读取PDB文件
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure('protein', 'protein.pdb')
# 计算SASA值
model = structure<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span>
#### 引用[.reference_title]
- *1* [溶剂可及性(一):基本概念](https://blog.csdn.net/qq_44218195/article/details/125961244)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"]
- *2* *3* [kaggle酶稳定性预测第三名解决方案分享](https://blog.csdn.net/watermelon_c/article/details/130264236)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT0_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"]
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