如何在合并文件时去除这个alleles

在合并VCF文件时遇到这类“REF prefixes differ”的问题，意味着由于参考碱基不一致（比如C vs T），无法直接合并。为了去除引发冲突的alleles，你可以采取以下步骤：

1. **确认问题**：首先，确定哪些具体的alleles引起冲突，查看这两个变异的位置、基因型以及对应的REF和ALT信息。

2. **修正数据**：
- 如果可以，找出造成差异的原因，可能是录入错误或者是样本来源的不同（如不同实验技术或测序平台）。如果是录入错误，可以在一个文件中修复这些不正确的REF。
- 如果是不同平台导致的问题，可以考虑使用某种方法（如BAMtools、samtools等）基于原始的FASTQ或 BAM 文件更新VCF，确保一致性。

3. **删除或转换alleles**：
- 使用BCFTools的`bcftools view`或`vcfanno`命令，只保留其中一个版本的alleles。例如，如果C版本是你想要保留的，可以运行类似这样的命令：

     bcftools view -H -h -S sample_name samples_extracted_dd.vcf.gz > corrected_samples_extracted_dd.vcf.gz

- 这会创建一个新的VCF文件，其中只包含指定样本中C作为REF的记录。

4. **合并修正后的文件**：
现在你可以将修正过的文件和其他文件一起合并，如：

   bcftools merge corrected_samples_extracted_dd.vcf.gz DD_80k_all_converted.vcf.gz ... other_files.vcf.gz -Oz -o all_merge_fixed.vcf.gz

5. **验证结果**：
合并后，再次检查新文件，确保REF前缀已经统一，并且没有因为Allele删除而丢失其他有用的信息。

记住，每个步骤都要小心操作，以免误删重要信息。如果有多个样本受到影响，最好逐一处理，避免影响整体分析结果。完成合并后，记得检查是否有其他潜在的差异或问题存在。