掌握Jupyter Notebook与SQLite:高级数据存储与检索技巧

需积分: 9 0 下载量 81 浏览量 更新于2024-11-25 收藏 234KB ZIP 举报
Jupyter Notebook是一个开源的Web应用程序,允许用户创建和共享包含实时代码、方程、可视化和解释性文本的文档,是数据分析、科学计算和机器学习领域常用的工具。SQLite是一种轻量级的数据库引擎,它将整个数据库存储在一个单一的跨平台磁盘文件中,特别适合于小型项目和原型开发。SQLAlchemy是Python中一个非常流行的SQL工具包和对象关系映射(ORM)库,它提供了使用Python语言操作数据库的标准方法。 在本资源中,我们将详细探讨如何在Jupyter Notebook环境中配置和使用SQLite数据库,以及如何通过SQLAlchemy库来简化数据库的访问和操作。首先,我们会介绍Jupyter Notebook的基本操作,包括如何安装和启动Jupyter Notebook环境,以及如何创建一个新的Notebook。接着,我们会讲解SQLite数据库的基本概念,包括数据库的创建、表的创建、数据的插入、查询、更新和删除操作。然后,我们会深入到SQLAlchemy库的使用,包括它的ORM特性如何将数据库中的表映射为Python中的类,以及如何利用SQLAlchemy来执行复杂的数据库操作而无需直接编写SQL语句。 本资源还可能涉及到数据可视化方面的内容,比如如何在Jupyter Notebook中使用matplotlib或者seaborn库来展示SQLite数据库中的数据。此外,可能会讨论如何将数据分析的结果导出到不同的格式,比如CSV或者JSON文件,以方便后续的数据处理和分析工作。 通过本资源的学习,用户将能够掌握使用Jupyter Notebook进行数据分析的基础知识,同时熟练地使用SQLite进行数据存储和管理,以及运用SQLAlchemy实现高效和结构化的数据检索。这些技能对于数据科学家、分析师以及对数据处理有兴趣的开发者来说都是非常有用的。" 重要知识点总结: 1. Jupyter Notebook: 一种开源的Web应用程序,用于创建和共享包含代码、方程、可视化和解释性文本的文档,适用于数据分析、科学计算和机器学习。 2. SQLite数据库: 一种轻量级的数据库引擎,将整个数据库存储在一个文件中,适合小型项目和原型开发。 3. SQLAlchemy: Python中的SQL工具包和ORM库,提供操作数据库的高级抽象,简化数据库访问和操作。 4. 数据存储和管理: 包括创建数据库和表,以及进行数据的插入、查询、更新和删除操作。 5. ORM(对象关系映射): SQLAlchemy库的ORM特性可以将数据库表映射为Python中的类,方便对象化操作数据库。 6. 数据可视化: 在Jupyter Notebook中使用matplotlib或seaborn等库对数据进行可视化展示。 7. 数据导出: 将分析结果导出为CSV、JSON等格式,便于后续处理和分析。 以上就是本资源中所涵盖的详细知识点,通过学习这些内容,读者将能够有效地利用Jupyter Notebook、SQLite和SQLAlchemy进行数据存储和检索的高级操作。
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import scipy.io import mne from mne.bem import make_watershed_bem # Load .mat files inner_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.inner_skull.mat') outer_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.outer_skull.mat') scalp = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.scalp.mat') print(inner_skull.keys()) # Assuming these .mat files contain triangulated surfaces, we will extract vertices and triangles # This might need adjustment based on the actual structure of your .mat files inner_skull_vertices = inner_skull['Vertices'] inner_skull_triangles = inner_skull['Faces'] outer_skull_vertices = outer_skull['Vertices'] outer_skull_triangles = outer_skull['Faces'] scalp_vertices = scalp['Vertices'] scalp_triangles = scalp['Faces'] # Prepare surfaces for MNE surfs = [ mne.bem.BEMSurface(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, sigma=0.01, id=4), # brain mne.bem.BEMSurface(outer_skull_vertices, outer_skull_triangles, sigma=0.016, id=3), # skull mne.bem.BEMSurface(scalp_vertices, scalp_triangles, sigma=0.33, id=5), # skin ] # Create BEM model model = mne.bem.BEM(surfs, conductivity=[0.3, 0.006, 0.3], is_sphere=False) model.plot(show=False) # Create BEM solution solution = mne.make_bem_solution(model) 运行代码时报错; Traceback (most recent call last): File "E:\pythonProject\MEG\头模型.py", line 24, in <module> mne.bem.BEMSurface(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, sigma=0.01, id=4), # brain AttributeError: module 'mne.bem' has no attribute 'BEMSurface'

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运行代码: import scipy.io import mne from mne.bem import make_watershed_bem import random import string # Load .mat files inner_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.inner_skull.mat') outer_skull = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.outer_skull.mat') scalp = scipy.io.loadmat('E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318\\tess_mri_COR_MPRAGE_RECON-mocoMEMPRAGE_FOV_220-298665.scalp.mat') print(inner_skull.keys()) # Assuming these .mat files contain triangulated surfaces, we will extract vertices and triangles # This might need adjustment based on the actual structure of your .mat files inner_skull_vertices = inner_skull['Vertices'] inner_skull_triangles = inner_skull['Faces'] outer_skull_vertices = outer_skull['Vertices'] outer_skull_triangles = outer_skull['Faces'] scalp_vertices = scalp['Vertices'] scalp_triangles = scalp['Faces'] subjects_dir = 'E:\MATLABproject\data\MRI\Visit1_040318' subject = ''.join(random.choices(string.ascii_uppercase + string.ascii_lowercase, k=8)) # Prepare surfaces for MNE # Prepare surfaces for MNE surfs = [ mne.make_bem_model(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, conductivity=[0.01], subjects_dir=subjects_dir), # brain mne.make_bem_model(outer_skull_vertices, outer_skull_triangles, conductivity=[0.016], subjects_dir=subjects_dir), # skull mne.make_bem_model(scalp_vertices, scalp_triangles, conductivity=[0.33], subjects_dir=subjects_dir), # skin ] # Create BEM solution model = make_watershed_bem(surfs) solution = mne.make_bem_solution(model) 时报错: Traceback (most recent call last): File "E:\pythonProject\MEG\头模型.py", line 30, in <module> mne.make_bem_model(inner_skull_vertices, inner_skull_triangles, conductivity=[0.01], subjects_dir=subjects_dir), # brain File "<decorator-gen-68>", line 12, in make_bem_model File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\site-packages\mne\bem.py", line 712, in make_bem_model subject_dir = op.join(subjects_dir, subject) File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\ntpath.py", line 117, in join genericpath._check_arg_types('join', path, *paths) File "E:\anaconda\envs\pythonProject\lib\genericpath.py", line 152, in _check_arg_types raise TypeError(f'{funcname}() argument must be str, bytes, or ' TypeError: join() argument must be str, bytes, or os.PathLike object, not 'ndarray' 进程已结束,退出代码1

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