Cytoscape入门教程：图形化网络分析与样式设计

Cytoscape教程深入介绍了如何利用这款强大的生物网络可视化工具进行数据分析和图形绘制。首先，Cytoscape是一款广泛应用于生物学领域的图形化软件，支持多种网络数据格式，包括XML、OWL、RDF等，甚至能处理来自文本文件或Excel的数据，或者通过内建编辑器构建网络。其官方网站(<http://www.cytoscape.org/>)提供了丰富的资源和更新信息。 在Cytoscape的界面中，主要包括PropertiesTablePanel、ScreenControlPanel等组件，这些工具栏有助于用户管理和调整网络视图的各种参数。教程着重展示了如何导入网络数据，例如高质量的酵母相互作用网络（PPI和PDI），并通过File->Import->Network->File路径操作实现。 对于网络的样式设计，教程指导用户如何在Style设计部分设定默认值，并通过点击右下角的三角展开元素定制功能，例如指定Column为interaction，采用DiscreteMapping类型将特定交互关系分别标记为不同的线条颜色，如蛋白质-DNA相互作用为橙色，蛋白质间相互作用为绿色。 筛选功能也是Cytoscape的重要部分，教程讲解了三种筛选方式：ColumnFilter（基于关键字的查找）、DegreeFilter（根据节点的度进行筛选）和TopologyFilter（依据节点的邻接关系和距离）。用户可以通过这些方法精准地选择和过滤网络中的节点。 此外，教程演示了如何使用AllegroLayout快速布局算法进行节点的自动布局。在Layout菜单下，Allegro Spring-Electric布局算法被选择，用户可以看到节点以放射状分布的结果。用户还可以通过滑动鼠标滚轮实现局部放大或缩小，以便更细致地观察网络结构。 Cytoscape内置了多种算法应用程序（APPs），如AlgorithmLayout，用户可以安装和使用这些工具来优化网络布局或其他分析任务。尽管不同版本可能有所差异，但基本功能的使用是一致的。 Cytoscape教程提供了一套完整的步骤，从数据导入、样式设计、筛选到布局优化，帮助用户有效地理解和利用Cytoscape进行复杂网络的可视化和分析。无论是初次接触Cytoscape的新手还是希望提升技能的用户，这个教程都是一个宝贵的资源。