基因芯片分析与软件应用指南

"这篇文档主要介绍了基因芯片技术及其相关分析软件，包括ArrayVision 7.0、ArrayPro 4.0、Phoretix Array、J-Express、ScanAlyze 2.44、Cluster、SAM、TreeView 1.5、FreeView以及ArrayDesigner 2.00等。这些软件在基因芯片的图像分析、数据处理、聚类分析、引物设计等方面发挥着重要作用。" 基因芯片是一种高通量的分子生物学技术，它允许同时检测大量基因的表达水平，极大地推动了生物医学研究。在基因芯片的研究过程中，软件工具起着至关重要的作用，帮助科学家们处理和分析海量的数据。 ArrayVision 7.0是一款功能强大的商业版基因芯片分析软件，提供图像分析和数据处理功能，并具有协议管理能力。ArrayPro 4.0同样出自Media Cybernetics公司，以其精确性著称，适用于凝胶和图像分析。Phoretix Array是非线性动力学公司的产品，也是一个综合性的基因芯片分析软件。 J-Express是由挪威Bergen大学开发的，基于Java的应用程序，用于分析微矩阵实验数据，用户需要先安装Java运行环境才能使用。ScanAlyze 2.44是专门针对基因芯片的荧光图像分析软件，能进行半自动的格栅定义和像素点分析，输出结果易于导入数据库。 对于基因芯片数据分析，Cluster是斯坦福大学开发的工具，主要用于大规模微矩阵数据的聚类分析。SAM（Significance Analysis of Microarrays）是Excel的插件，用于显著性分析，由同一机构编制。TreeView 1.5和FreeView则是显示Cluster分析结果的图形化软件，其中FreeView在某些功能上优于TreeView。 ArrayDesigner 2.00则专注于DNA微矩阵的设计，支持批量设计DNA和寡核苷酸引物，是基因芯片实验前设计阶段的重要工具。 这些软件构成了基因芯片分析工作流的关键部分，从原始图像处理到数据分析、可视化和引物设计，每个步骤都有相应的专业软件支持，确保了基因芯片研究的高效和精确。