Python库picard-2.5.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl解压与使用教程

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资源摘要信息:"Python库 | picard-2.5.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl" 1. 文件类型说明 - 文件扩展名为“.whl”,这是Python特有的包安装格式,称为Wheel文件。Wheel是Python的二进制分发格式,旨在加快安装过程。它包含了所有编译好的扩展,能够使得安装过程比源代码格式的分发(如.tar.gz)更快。 2. Python库概述 - 标题中提到的“Python库”指的是一个预编译好的Python模块或包,它可以让Python程序员在不需要从源代码编译的情况下,通过简单的安装命令即可使用该库的功能。 3. Python版本兼容性 - 文件名中“cp37”表示该库兼容Python 3.7版本。通常“cp”是“C Python”的缩写,指的是标准的Python实现。“cp37”后面通常还会跟随“cp37m”,这表示该库是为Python 3.7版本的多版本兼容性设计的,其中“m”代表多版本兼容性。 4. 平台指定 - 文件名中的“win_amd64”表明这个Wheel文件是专门为Windows操作系统中的64位架构编译的。这意味着该库文件只适用于运行Windows 64位系统的计算机上。 5. 库名称“picard” - 文件名“picard-2.5.1”指的是该库的版本号和名称。库名称可能是特定于其功能或开发团队的,但仅从文件名并不能得知库的具体用途。要了解库的具体功能和使用方法,通常需要查阅库的官方文档或相关资源。 6. 安装和使用 - 要安装该库,Python用户可以通过命令行使用pip工具,这是Python的包安装程序。例如,通过在命令行中输入以下命令来安装该库: ``` pip install picard-2.5.1-cp37-cp37m-win_amd64.whl ``` - 安装完成后,用户可以在Python代码中通过import语句导入并使用该库提供的功能和类。 7. 开发语言与工具链 - 提到的“Python 开发语言”是指一种广泛使用的高级编程语言,它以其易读性和简洁的语法而闻名。该语言适用于多种编程范式,包括面向对象、命令式、函数式和过程式编程。 - 该文件名还提到了“Python库”,这表明这是一个在Python开发中常用的组件,它能够被其他Python程序调用,以增强程序的功能。 8. 标签信息 - 标签“python 开发语言 Python库”强调了该资源是与Python开发相关的,并且是一个库文件。这有助于开发者在查找和组织资源时,更快地定位到与Python相关的库。 总结来说,该文件是一个为Windows平台上的Python 3.7编译的预编译库文件,它为Python开发人员提供了一种便捷的方式来安装和使用名为“picard”的Python库。要使用该库,开发者需要确保他们的系统满足Python版本和平台的兼容性要求,并通过pip安装程序来安装该Wheel文件。一旦安装完成,开发者就可以在他们的Python代码中导入并利用该库提供的功能了。

使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件

2023-07-22 上传