R语言实现K均值与系统聚类(最大距离法、类平均法、离差平方和法)及可视化
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更新于2024-09-07
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本文档主要介绍了在R语言中应用K均值聚类和系统聚类(包括最大距离法、类平均法和离差平方和法)进行数据聚类的过程。首先,我们从加载必要的库和数据集开始,例如`factoextra`库,它提供了方便的函数来进行聚类分析和可视化。
在K均值聚类部分,作者首先读取了一个名为`.txt`的文件,并将数据转换成适合处理的形式。利用`fviz_nbclust`函数,通过计算wss(within-cluster sum of squares,即簇内平方和)来评估不同聚类数量的合理性,这种方法有助于确定最佳的聚类个数。然后,执行K-means算法,设置8个初始聚类中心,并将聚类结果与原始数据结合,生成了一个可视化的拐点图,以便于理解聚类效果。
系统聚类方面,作者首先计算了数据的欧氏距离矩阵(`dist`函数),这是许多聚类方法的基础。接下来,使用三种不同的凝聚度聚类方法:
1. 最大距离法("complete"或单 linkage):通过`hclust`函数构建一个基于完全连接树的聚类结构,并用`rect.hclust`函数将其可视化,展示各簇之间的最大距离关系。
2. 类平均法("average"或UPGMA,Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean):同样,构建基于平均距离的聚类树,并用`rect.hclust`进行可视化。
3. Ward方法("ward"):这是一种基于最小化簇内平方和增量的聚类方法,通过`hclust`和`rect.hclust`展示其聚类结果。
这些系统聚类方法帮助用户对比不同聚类策略的效果,选择最适合数据集特点的聚类方法。整个过程涉及数据预处理(标准化)、距离矩阵计算、聚类算法应用以及结果的可视化和评估,这对于理解和优化数据的内在结构非常有帮助。通过这份R语言代码,读者可以了解到如何在实际项目中应用这些聚类技术。
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2023-05-22 上传
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sodaraining
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