Swift: 基于GPU的DNA序列比对开源工具

开源软件
需积分: 13 0 下载量 106 浏览量 更新于2024-12-05 收藏 467KB TGZ 举报
资源摘要信息:"Swift是一个使用Smith-Waterman算法进行DNA序列比对的开源程序，该算法是生物信息学中用于局部序列对齐的一种常用算法。Smith-Waterman算法由Temple F. Smith和Michael S. Waterman在1981年提出，它通过动态规划技术比较序列之间的相似性，并且能够识别两个序列之间的局部相似区域，特别是当序列有重叠或嵌套时。与全局序列对齐算法（如Needleman-Wunsch算法）不同，Smith-Waterman更适合对包含多个同源区域的长序列进行对齐，这在DNA序列分析中尤为常见。 Swift程序的主要功能包括： 1. 输入文件格式：接受FASTA格式的查询文件和参考文件。FASTA是一种广泛使用的文本格式，用于表示生物序列，例如蛋白质或DNA。它以大于号（>）开头的一行为序列的描述信息，紧接着的行则是序列本身。 2. 输出结果：Swift程序输出包括参考序列名称、查询序列名称、带有空位的比对序列、比对得分、比对开始和结束位置以及比对长度等信息。这些信息可以帮助研究人员理解两个序列之间的精确比对关系。 3. GPU加速：Swift利用图形处理单元（GPU）的并行处理能力来加速序列比对过程。GPU是设计来快速处理图形和图像数据的硬件，但由于其高度的并行性质，近年来被广泛用于加速科学计算，包括生物信息学中的序列分析。 Swift程序的一个重要特点是在GPU技术大会上被介绍，这表明该程序在利用GPU进行大规模并行计算方面具有一定的创新性和实用性。演讲的资源链接提供了对Swift程序更深层次的理解和实际操作演示，对于使用该程序的用户来说是一份宝贵的资料。 关于安装和运行Swift，开发者在SourceForge的Wiki页面上提供了详细的说明文档，用户可以通过该页面获取安装指导和运行指南。对于在安装或运行过程中遇到问题的用户，可以通过提供的联系方式与Pankaj Gupta取得联系，他是程序的主要开发人员之一，能提供进一步的帮助。 总的来说，Swift作为一个开源的DNA序列比对程序，对于生物信息学领域的研究人员来说是一个宝贵的资源。其结合了先进的Smith-Waterman算法和GPU加速技术，能够高效地进行序列比对，尤其适用于处理大量DNA数据的场景。"

DNA Sequence Alignment Using Dynamic Programming

2013-05-29 上传
总结来说，"DNA Sequence Alignment Using Dynamic Programming by C#"涉及到将生物学的DNA序列比对问题与计算机科学的动态规划方法相结合，利用C#语言进行编程实现。这个过程涵盖了全局和局部比对算法、动态规划...

汪浩--专业写作DNA序列对齐实验项目--杨宁老师

2018-06-28 上传
在DNA序列对齐中，动态规划通常以Smith-Waterman算法或Needleman-Wunsch算法的形式出现。这两种算法都会创建一个矩阵，其中每个单元格的值代表两个子序列在特定位置对齐的得分。通过填充这个矩阵，我们可以找到全局...

invalid multibyte character sequence 870告警1

2022-08-03 上传
当我们在编程中使用非ASCII字符时，例如中文字符，如果编译器不支持多字节字符序列，或者没有正确地配置多字节字符序列支持，编译器可能会抛出Invalid Multibyte Character Sequence 警告。 在stm32平台上，使用MDK...

* @brief adc base default para init. * @param sequence_mode: set the state of adc sequence mode. * this parameter can be:TRUE or FALSE * @param repeat_mode: set the state of adc repeat conversion mode. * this parameter can be:TRUE or FALSE * @param data_align: set the state of adc data alignment. * this parameter can be one of the following values: * - ADC_RIGHT_ALIGNMENT * - ADC_LEFT_ALIGNMENT * @param ordinary_channel_length: configure the adc ordinary channel sequence length. * this parameter can be: * - (0x1~0xf) * @retval none 是什么意思

2023-06-10 上传
- `sequence_mode`：设置 ADC 的序列模式，即是否启用多通道转换。该参数可以是 `TRUE` 或 `FALSE`。 - `repeat_mode`：设置 ADC 是否开启连续转换模式。该参数可以是 `TRUE` 或 `FALSE`。 - `data_align`：设置 ADC...

python报错：An unexpected error occurred: 'utf-8' codec can't decode byte 0xb9 in position 0: invalid start byte

2023-12-23 上传
根据提供的引用内容，出现报错"An unexpected error occurred: 'utf-8' codec can't decode byte 0xb9 in position 0: invalid start byte"是由于Python无法解码字节序列导致的。这种错误通常发生在尝试使用utf-8...

接着分析 (result (type_ident (component id='Bool' bind=Swift.(file).Bool))) (brace_stmt range=[re.swift:1:59 - line:14:1] (pattern_binding_decl range=[re.swift:2:5 - line:2:33] (pattern_named type='[UInt8]' 'b') Original init: (call_expr type='[UInt8]' location=re.swift:2:19 range=[re.swift:2:13 - line:2:33] nothrow (constructor_ref_call_expr type='(String.UTF8View) -> [UInt8]' location=re.swift:2:19 range=[re.swift:2:13 - line:2:19] nothrow (declref_expr implicit type='(Array<UInt8>.Type) -> (String.UTF8View) -> Array<UInt8>' location=re.swift:2:19 range=[re.swift:2:19 - line:2:19] decl=Swift.(file).Array extension.init(_:) [with (substitution_map generic_signature=<Element, S where Element == S.Element, S : Sequence> (substitution Element -> UInt8) (substitution S -> String.UTF8View))] function_ref=single) (argument_list implicit (argument (type_expr type='[UInt8].Type' location=re.swift:2:13 range=[re.swift:2:13 - line:2:19] typerepr='[UInt8]')) )) (argument_list (argument (member_ref_expr type='String.UTF8View' location=re.swift:2:29 range=[re.swift:2:21 - line:2:29] decl=Swift.(file).String extension.utf8 (declref_expr type='String' location=re.swift:2:21 range=[re.swift:2:21 - line:2:21] decl=re.(file).check(_:_:).encoded@re.swift:1:14 function_ref=unapplied))) )) Processed init: (call_expr type='[UInt8]' location=re.swift:2:19 range=[re.swift:2:13 - line:2:33] nothrow (constructor_ref_call_expr type='(String.UTF8View) -> [UInt8]' location=re.swift:2:19 range=[re.swift:2:13 - line:2:19] nothrow (declref_expr implicit type='(Array<UInt8>.Type) -> (String.UTF8View) -> Array<UInt8>' location=re.swift:2:19 range=[re.swift:2:19 - line:2:19] decl=Swift.(file).Array extension.init(_:) [with (substitution_map generic_signature=<Element, S where Element == S.Element, S : Sequence> (substitution Element -> UInt8) (substitution S -> String.UTF8View))] function_ref=single) (argument_list implicit (argument (type_expr type='[UInt8].Type' location=re.swift:2:13 range=[re.swift:2:13 - line:2:19] typerepr='[UInt8]')) )) (argument_list (argument (member_ref_expr type='String.UTF8View' location=re.swift:2:29 range=[re.swift:2:21 - line:2:29] decl=Swift.(file).String extension.utf8 (declref_expr type='String' location=re.swift:2:21 range=[re.swift:2:21 - line:2:21] decl=re.(file).check(_:_:).encoded@re.swift:1:14 function_ref=unapplied))) ))) (var_decl range=[re.swift:2:9 - line:2:9] "b" type='[UInt8]' interface type='[UInt8]' access=private readImpl=stored writeImpl=stored readWriteImpl=stored)

2023-06-10 上传
该表达式的参数是一个 `String.UTF8View` 类型的值，表示将 `encoded` 字符串转换为 UTF-8 编码后的字节序列。 这段代码的作用是将 `encoded` 字符串转换为一个无符号8位整数的数组，并将其赋值给变量 `b`，然后...

UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xd1 in position 0: invalid continuation byte

2024-01-18 上传
这个错误通常发生在使用错误的编码方式尝试解码字节序列时。 解决UnicodeDecodeError的方法有以下几种： 1. 指定正确的编码方式：在解码过程中，确保使用正确的编码方式。常见的编码方式包括utf-8、gbk、latin-1等...

UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xab in position 78: illegal multibyte sequence

2023-09-24 上传
这个错误是UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xab in position 78: illegal multibyte sequence。这个错误的原因是在使用utf-8解码时遇到了非法的多字节序列。解决这个问题的方法是在open()函数...

Input options: -6, --illumina1.3+ quality is in the Illumina-1.3+ encoding -A, --count-orphans do not discard anomalous read pairs -b, --bam-list FILE list of input BAM filenames, one per line -B, --no-BAQ disable BAQ (per-Base Alignment Quality) -C, --adjust-MQ INT adjust mapping quality; recommended:50, disable:0 [0] -d, --max-depth INT max per-file depth; avoids excessive memory usage [8000] -E, --redo-BAQ recalculate BAQ on the fly, ignore existing BQs -f, --fasta-ref FILE faidx indexed reference sequence file -G, --exclude-RG FILE exclude read groups listed in FILE -l, --positions FILE skip unlisted positions (chr pos) or regions (BED) -q, --min-MQ INT skip alignments with mapQ smaller than INT [0] -Q, --min-BQ INT skip bases with baseQ/BAQ smaller than INT [13] -r, --region REG region in which pileup is generated -R, --ignore-RG ignore RG tags (one BAM = one sample) --rf, --incl-flags STR|INT required flags: skip reads with mask bits unset [] --ff, --excl-flags STR|INT filter flags: skip reads with mask bits set [UNMAP,SECONDARY,QCFAIL,DUP] -x, --ignore-overlaps disable read-pair overlap detection Output options: -o, --output FILE write output to FILE [standard output] -O, --output-BP output base positions on reads -s, --output-MQ output mapping quality --output-QNAME output read names -a output all positions (including zero depth) -a -a (or -aa) output absolutely all positions, including unused ref. sequences

2023-06-10 上传
- `-B, --no-BAQ`: 禁用BAQ（基于位置的比对质量）。 - `-C, --adjust-MQ INT`: 调整mapping quality的值，建议使用50，禁用则使用0。 - `-d, --max-depth INT`: 每个文件的最大深度，避免过多的内存使用，默认为...

python中UnicodeDecodeError: 'utf-8' codec can't decode byte 0xb2 in position 6: invalid start byte

2023-12-19 上传
在Python中，当我们尝试使用utf-8编解码器解码一个字节序列时，如果遇到无效的起始字节，就会引发UnicodeDecodeError异常。这通常是因为字节序列中包含了不符合utf-8编码规则的字节。 解决这个问题的方法有几种，...
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