入门指南:理解HotSpot内核

需积分: 5 0 下载量 22 浏览量 更新于2024-06-22 收藏 3.67MB PDF 举报
"Introduction to HotSpot Internals" 是一份由 Paul Nauman 编写的技术文档,他担任 Oracle 公司的 JVMSustaining Engineer。这份文档于 2014 年发布,主要针对热spot(HotSpot)虚拟机(JVM)的内部工作原理进行深入介绍,适合对 HotSpot 内部机制初学者阅读。作者具有丰富的系统级别设计和调试经验,曾在贝尔实验室、贝尔核心和 Ameritech 工作过。 文档的主要目标是让读者了解 HotSpot 源代码结构,掌握基础的数据结构和算法,并重点聚焦于 HotSpot 的"Runtime"部分。"Runtime"是 HotSpot 虚拟机的核心运行环境,它负责执行Java应用程序的字节码。 文档分为几个部分: 1. 简介:明确了文档的目标受众,即希望入门的 HotSpot 内部机制学习者,同时介绍了演讲者的背景,包括他在 JVM 维持工程中的角色以及他的专业经历。 2. 会议议程:详述了整个文档的结构,涵盖了以下几个关键主题: - 介绍:文档的初衷和目标,以及演讲者的基本信息。 - JVM模型概述:简要地概述Java虚拟机的工作原理,为理解 HotSpot 布局提供上下文。 - 导航 HotSpot 源代码:指导读者如何在庞大的源代码库中定位和理解不同组件。 - 类加载和元数据:讨论Java应用程序如何通过类加载器加载和管理类的元数据。 - 模板解释器:剖析 HotSpot 中用于解释字节码的模板解释器的作用和工作方式。 - 线程:讲解 HotSpot 对多线程的支持,以及线程调度的相关细节。 通过阅读这份文档,学习者可以深入理解 HotSpot JVM的底层实现,这对于开发人员优化性能、调试问题以及进一步研究虚拟机技术非常有帮助。文档强调了基础知识的学习,使读者能够逐步建立起对高性能Java虚拟机内部运作的扎实认知。

使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件

2023-07-22 上传