Linux v2.13.6下的异步线程阈值处理变体

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0 下载量 24 浏览量 更新于2024-10-05 收藏 4KB RAR 举报
资源摘要信息:"async-thread.rar_V2"是一个包含异步线程处理的压缩包文件,专门用于Linux操作系统版本2.13.6。该文件可能涉及使用异步编程技术来处理线程操作,这对于多线程环境下的任务执行和数据处理尤为重要。文件的描述中提到的“Thresholding related variants”可能意味着该版本涉及某种阈值判定机制,这可能是在处理异步事件时用来判断线程状态或负载的关键技术。版本号“v2”可能表明这是该软件或项目的第二个版本,通常意味着相比之前的版本有改进或新增了功能。而文件列表中提到的“async-thread.c”和“async-thread.h”文件则可能是该软件包中用于定义异步线程行为和接口的源代码文件。 在Linux环境下,异步编程是通过多线程、信号、事件驱动等方式实现的一种编程模式。异步编程可以提高应用程序的性能,特别是在高并发的场景下,可以使得程序同时处理多个任务而不会互相阻塞。在Linux中,可以使用POSIX线程(pthread)库来创建和管理线程。涉及到线程编程,通常会涉及到线程同步机制,例如互斥锁(mutexes)、条件变量(condition variables)、信号量(semaphores)等,以确保数据的一致性和防止竞态条件。 "Thresholding related variants"可能暗示在该版本中,除了基本的异步线程功能外,还可能包含一些特别的处理逻辑,例如动态调整线程的数量,根据不同的负载情况来改变线程的工作模式。这种机制在云计算和分布式系统中尤为重要,其中能够根据任务量动态调整资源的使用可以显著提升效率和性能。 在Linux系统中,线程的创建和销毁是需要成本的,因此合理地管理线程的生命周期,以及合理地分配任务给不同的线程,是提高性能的关键。异步编程的另一个关键点是事件循环,它负责监听不同的异步事件,当有事件发生时,就将相应的处理逻辑安排在合适的线程上执行。 在该文件的具体实现上,"async-thread.c"文件可能包含异步线程的逻辑实现,包括线程的创建、执行和退出等,而"async-thread.h"文件则可能包含头文件声明,定义了接口和数据结构等。头文件是C语言中的一个重要组成部分,它允许程序员声明函数、变量和其他数据结构,并在多个源代码文件之间共享这些声明。 考虑到Linux操作系统和异步编程的重要性,了解和掌握这些知识点对于开发高效、稳定的多线程应用程序至关重要。此外,了解相关技术和最佳实践可以帮助开发者编写出更安全、可维护和可扩展的代码。对于从事系统编程、服务器开发、嵌入式系统开发等领域的IT专业人员来说,具备对异步线程和Linux系统底层机制的深入理解是必不可少的。

使用GATK的combinegvcf模块合并gvcf文件,可是到了这一步Using GATK jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar Running: java -Dsamjdk.use_async_io_read_samtools=false -Dsamjdk.use_async_io_write_samtools=true -Dsamjdk.use_async_io_write_tribble=false -Dsamjdk.compression_level=2 -jar /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar CombineGVCFs -R /stor9000/apps/users/NWSUAF/2008115251/genomes/ARS-UCD1.2_Btau5.0.1Y.fa --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_22/1_XN_22.g.vcf.gz --variant /stor9000/apps/users/NWSUAF/2020055419/home/xncattle/03.GVCF/01_out_GVCF/XN_18/1_XN_18.g.vcf.gz -O /stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050469/candy/bwa/gatk/Combine/chr1.g.vcf.gz 09:10:40.524 INFO NativeLibraryLoader - Loading libgkl_compression.so from jar:file:/stor9000/apps/users/NWSUAF/2022050434/biosoft/gatk4.3/gatk-4.3.0.0/gatk-package-4.3.0.0-local.jar!/com/intel/gkl/native/libgkl_compression.so 09:10:50.696 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - The Genome Analysis Toolkit (GATK) v4.3.0.0 09:10:50.697 INFO CombineGVCFs - For support and documentation go to https://software.broadinstitute.org/gatk/ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Executing as 2022050469@node54 on Linux v3.10.0-1127.el7.x86_64 amd64 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Java runtime: Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM v1.8.0_72-b15 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - Start Date/Time: July 21, 2023 9:10:40 AM CST 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - ------------------------------------------------------------ 09:10:50.698 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Version: 3.0.1 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Picard Version: 2.27.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - Built for Spark Version: 2.4.5 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defaults.COMPRESSION_LEVEL : 2 09:10:50.699 INFO CombineGVCFs - HTSJDK Defa就停止了,没有输出文件,也没有报错文件

2023-07-22 上传