PDB文件格式详解:版本3.30
"pdb文件格式-最新版" pdb文件格式是蛋白质数据银行(Protein Data Bank)用于存储和交换蛋白质和其他生物大分子三维结构的标准格式。这个格式在不断地更新和完善,以适应科研的需求。最新版的pdb文件格式遵循PDB交换字典(PDBx),该字典由wwPDB(世界蛋白质数据银行)维护,并可在http://mmcif.pdb.org/dictionaries/mmcif_pdbx.dic/Index/index.html找到。 pdb文件的主要内容包括各种记录类型,每种类型都有特定的信息。格式设计的目的是提供结构信息的标准化表示,以便于科学家们交流和分析。以下是pdb文件的一些关键组成部分: 1. **基本格式描述**:pdb文件由一系列记录组成,每个记录占一行,且长度固定为80个字符。记录名称位于每行的前6个字符,后面的字符用于存放具体数据。 2. **记录类型**:pdb文件包含多种记录,如HEADER、OBSLTE、TITLE、COMPND、SOURCE、KEYWDS、EXPDTA等,每种记录都有特定的用途。例如,HEADER记录提供结构的基本信息,TITLE记录存储结构的标题,COMPND和SOURCE记录分别描述化合物和来源,KEYWDS记录包含关键词,EXPDTA记录实验细节。 3. **pdb格式变更政策**:pdb格式会随着新需求和技术进步而演变。每次变更都会遵循一定的策略,以确保向后兼容性和数据完整性。 4. **记录顺序**:pdb文件中的记录有一定的排列顺序,比如基本信息、实验数据、作者信息、结构描述、模型信息等。不过,不是所有记录都必须严格按顺序排列。 5. **字段格式和数据类型**:每个记录由多个字段组成,字段有不同的数据类型,如字符串、数字或日期。字段的格式和长度都有明确的规定。 6. **标题部分**:标题部分包括HEADER、OBSLTE、TITLE、SPLIT、CAVEAT、COMPND、SOURCE、KEYWDS等记录,这些记录提供了结构的基本信息和相关说明。 7. **模型和结构信息**:NUMMDL和MDLTYP记录是用于描述模型数量和类型的,这对于多模型结构特别重要。REMARK记录中包含了关于结构模型的各种注解,如分辨率、最终精修信息等。 8. **实验方法和精修软件**:在REMARK记录中,可以找到关于实验方法(如X-PLOR或CNS)和结构精修的详细信息,这有助于理解结构的可靠性。 pdb文件格式是生物学和结构生物学研究的核心工具,它使得研究人员能够共享、比较和分析蛋白质和其他大分子的三维结构,从而推动药物发现、生物物理和分子模拟等领域的发展。对pdb格式的深入理解和使用,对于从事相关研究的科学家来说至关重要。
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