Perl编程入门：生物信息学实践指南

" Beginning Perl for Bioinformatics 是一本由 James Tisdall 撰写的书籍，旨在帮助生物学背景且编程经验有限的读者学习如何使用Perl语言进行生物信息学分析。该书首次出版于2001年，由O'Reilly出版社发行，共384页，ISBN为0-596-00080-4。书中通过解决特定问题或问题类别，使读者在完成阅读后能掌握Perl基础，拥有解析BLAST和GenBank数据等任务的程序，并具备进一步进行高级生物信息学编程的能力。 本书首先介绍了什么是生物信息学，以及为何生物学家需要学习编程。接着，它阐述了生物学和计算机科学的结合，特别是DNA和蛋白质的组织结构，以及“in silico”（计算生物学）的概念和计算能力的局限性。在开始Perl编程部分，书中强调了Perl的学习曲线相对平缓且具有多种优势，包括如何在个人计算机上安装Perl、运行Perl程序、选择文本编辑器以及获取帮助的方法。 此外，书中探讨了编程的艺术，提到每个人都有自己的编程风格，并介绍了一些基本的编程原则和技巧。这包括变量、数据类型、流程控制（如条件语句和循环）、函数的使用，以及错误处理等概念。书中还涵盖了正则表达式，这对于处理生物信息学中的序列数据至关重要，因为它们可以高效地匹配和操作复杂的模式。 随着深入，作者会引导读者处理更复杂的任务，如解析常见的生物信息学文件格式，如FASTA和GenBank，以及如何利用Perl模块来简化工作。书中可能还会讨论到BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）结果的解析，这对于比较基因和蛋白质序列极其重要。 在面向对象编程方面，读者将了解如何使用Perl的面向对象特性来构建可重用和模块化的代码，这对于创建复杂生物信息学应用程序非常关键。最后，书中可能还包括一些实际案例研究和练习，以巩固所学知识并鼓励读者应用到实际项目中。 "Beginning Perl for Bioinformatics"是一本实用的教程，适合生物学学生和研究人员，旨在帮助他们掌握编程技能，特别是在生物信息学领域，以便更有效地分析和解释大量的生物数据。"