Gromacs 2011讲座：分子模拟与安装教程

Gromacs-lec-2011-11-session2.pdf 是一份关于Gromacs程序的详细讲座资料，由清华大学机械系的李启楷教授于2011年11月在北京举办。这份文件专注于Gromacs在分子模拟中的应用，特别是经典相互作用和力场的理解，以及计算流程和技术。它涵盖了安装、编程技巧和教程等内容。 首先，讲座介绍了选择操作系统环境，包括Redhat Linux (4.x, 5.x, 6.x), CentOS Linux (4.x, 5.x, 6.x), Scientific Linux (4.x, 5.x, 6.x), Fedora Linux, 和 SUSE Linux (10.x, AMD)。同时，教授强调了针对不同处理器（Intel或AMD）的选择以及对硬件需求的认识。 在安装部分，文件详细指导如何安装FFTW（Fast Fourier Transform in the West++)，这是Gromacs的重要库。安装过程包括下载最新版本（3.2.2），设置编译器命令行选项（CFLAGS, LDFLAGS, CPPFLAGS, CXXFLAGS, FFLAGS），并演示了如何配置编译参数，如选择单精度或双精度。 接着，文件着重于Gromacs的安装，建议使用版本3.3.3进行教学实验。安装步骤包括从Gromacs官方网站下载（4.5.5版本），然后使用`./configure`脚本进行配置，指定选项如启用多线程和安装路径。为了适应不同的编译需求，还提供了区分单精度和双精度的配置示例。 讲座中提及的内容还包括分子动力学的基础概念，如氢键的处理以及经典相互作用力场的计算方法。这部分内容可能涉及势能函数、力常数、保守力和非保守力的定义，以及如何通过Gromacs的力场文件（如GROMOS、AMBER、CHARMM等）来描述分子间作用力。此外，还可能探讨了Gromacs的计算流程，如系统初始化、能量最小化、分子动力学模拟和结果分析等步骤。 总结来说，Gromacs-lec-2011-11-session2.pdf为想要学习和使用Gromacs进行分子模拟的用户提供了一套完整的入门教程，包括必要的软件环境设置、安装指导、技术细节以及基本的模拟方法。这对于从事化学、生物物理等领域研究的学生和研究人员具有很高的实用价值。