LAMMPS Data文件创建：从Ms到Atomsk与OVITO
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更新于2024-08-26
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"Lammps中Data数据文件的建立方法主要涉及使用Microsoft Materials Studio (Ms) 建模，Atomsk进行格式转换，以及OVITO可视化软件进行编辑。以下是三种方法的详细介绍：
方法一：
1. 在Materials Studio中创建模型，如BaTiO3，并进行结构优化。
2. 选择合适的DisplayStyle，如Ball and Stick，调整Stickradius和Ballradius的值。
3. 设置超胞尺寸，例如25A1*10A2*3A3。
4. 导出模型为cif或pdb格式，pdb格式包含电荷信息。
5. 安装Atomsk并使用PowerShell转换文件，命令格式：`&'安装路径\atomsk.exe' 输入文件.cif 输出文件.lmp`。
6. 转换后的data文件中的原子类型根据输入文件格式，可能是atomic或charge。
方法二：
1. 同样使用Materials Studio建模，但直接导出pdb格式。
2. 使用Atomsk将pdb文件转换为.lmp格式。
3. 打开OVITO软件，加载转换后的.lmp文件。
4. 在OVITO中进行可视化和编辑，如定义原子类型、电荷等。
5. 通过OVITO导出为lammps可读的data文件，该方法允许更直观的编辑和查看原子属性。
方法三：
1. 使用专门的lammps数据文件生成工具，如VESTA或LAMMPS的内置脚本功能，直接创建data文件。
2. 输入原子坐标、原子类型、单元胞参数等信息。
3. 对于复杂系统，可能需要手动编写或通过Python等编程语言自动生成data文件。
4. 在LAMMPS中使用`read_data`命令加载data文件进行模拟。
无论哪种方法，Data文件是LAMMPS模拟的核心，包含原子坐标、原子类型、电荷、单元胞参数、边界条件等信息。正确设置这些参数对于模拟结果的准确性和效率至关重要。在处理大型系统或复杂结构时，可能需要结合多种方法，以实现最佳的建模效果。在实际操作中，应根据具体需求选择最适合的方法。"
Data 文件书写步骤
lammps 中关键的一步是 data 文件的建立，这里总结 3 种不同的方法来建立 data
文件。（个人推荐方法二）
方法一：
首先通过 Ms 建立模型，然后输出 cif 或者 pdb 格式文件（最好用 pdb 格式文件，
因为 pdb 格式文件包含电荷）；其次，通过 Atomsk 进行格式转化，将 cif 格式转换
成 lammps 识别的 lmp 格式文件；（注意：MS 导出 cif 格式经过 atomsk 转换
成.Lmp 格式，data 文件中的原子类型是 atomic;MS 导出 pdb 格式经过 atomsk 转
换成.Lmp 格式，data 文件中的原子类型是 charge;）具体步骤如下—以 BaTiO3 为
例：
（1） 新建文件夹 BaTiO3,鼠标右键选择 Import.
（2）Import 之后弹出窗口，依次选择 Structures ceramics BaTiO
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（3）建好模型后，我们进行结构优化，鼠标在黑色窗口右键选择 Display Style
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