亚麻EST-SSR分子标记开发与应用研究

"亚麻EST-SSR标记开发 (2012年) - 苏钰, 李明, 姜硕, 郑东泽 - 东北农业大学农学院" 这篇2012年的论文主要关注的是亚麻（Linum usitatissimum L.）的Expressed Sequence Tag (EST)-Simple Sequence Repeat (SSR) 标记的开发和应用。ESTs是通过测序cDNA文库得到的短片段，它们代表了植物基因表达的部分。SSRs，也称为微卫星或短串联重复序列，是基因组中高度多态性的DNA区域，常用于分子标记和遗传多样性分析。 研究者首先从NCBI（美国国立生物技术信息中心）公共数据库下载了7947条亚麻的EST序列，然后通过去除低质量和冗余的序列，筛选出含有SSR的序列，共计239条，检出率为3.0%。这个检出率表明在亚麻的EST数据中，SSR的频率相对较低。进一步分析这些SSR，发现有49条二核苷酸重复，涉及7种不同的重复类型；160条三核苷酸重复，涵盖41种重复类型；以及30条四核苷酸重复，共有11种重复类型。这些不同的重复类型为设计EST-SSR引物提供了基础。 基于这些重复类型的多样性，研究人员设计了65对EST-SSR引物，用于后续的聚合酶链式反应（PCR）扩增。在对20份亚麻材料进行PCR扩增检测后，他们发现52对引物能够得到目的扩增产物，其中32对扩增产生的条带清晰且具有多态性，占到设计引物总数的49.2%。多态性的存在表明这些标记可以用于区分不同的亚麻材料。 通过聚类分析，这些EST-SSR标记成功地将20份亚麻材料分成了五个大类，这验证了使用EST-SSR分子标记进行亚麻遗传多样性分析的有效性。这项工作不仅增加了亚麻分子标记的可用资源，也为亚麻的遗传学研究、品种鉴定、育种工作以及种质资源的保护提供了重要的工具。 关键词：亚麻；EST-SSR；分子标记 这篇论文属于自然科学领域，特别在农业科学中的作物分子生物学分支，它对于理解亚麻的遗传特性，提高育种效率，以及未来可能的基因功能研究具有重要意义。同时，它也展示了如何利用现有的公开数据库资源来开发新的分子标记技术。