PRRSV感染细胞泛素化蛋白质组学解析

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0 下载量 45 浏览量 更新于2024-09-10 收藏 1.09MB PDF 举报
"PRRSV感染细胞的泛素化蛋白质组学研究" PRRSV感染细胞的泛素化蛋白质组学研究是由张欢、董楠、肖少波和方六荣等人进行的一项科研工作，该研究关注的是猪繁殖与呼吸综合征病毒（Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus，简称PRRSV）对宿主细胞内泛素化蛋白质组的影响。PRRSV是一种严重影响全球养猪业的重要病原体，其复杂的免疫机制一直是研究的热点。泛素化作为蛋白质翻译后修饰的一种重要方式，在细胞的各种生命活动中扮演关键角色，如细胞周期调控、细胞凋亡、DNA损伤修复、蛋白质间相互作用和信号转导等。此外，泛素化也参与多种病毒的复制和增殖过程。 本研究采用的是无标记（Label-free）技术，结合液相色谱-串联质谱（Liquid Chromatography-Mass Spectrometry/Mass Spectrometry，LC-MS/MS）的方法，对PRRSV（WUH3株）感染的猪原代肺泡巨噬细胞中的泛素化修饰进行了深入的检测和分析。通过这种方法，研究人员鉴定出了315个蛋白的431个泛素化位点显著上调，以及402个蛋白的552个泛素化位点显著下调。这些数据揭示了PRRSV感染如何改变宿主细胞的泛素化状态，可能涉及了病毒与宿主相互作用的多个层面，包括干扰宿主细胞的正常生理过程，以利于病毒的复制和传播。 这项研究对于理解PRRSV的致病机理具有重要意义，为开发新的防治策略提供了基础数据。泛素化蛋白质组学的深入研究有助于揭示病毒感染细胞后的具体分子机制，可能为识别潜在的抗病毒靶点提供线索，进一步推动疫苗设计和药物开发。同时，这一研究方法也为其他病毒性疾病的相似研究提供了参考和借鉴。 关键词：预防兽医学，猪繁殖与呼吸综合征病毒，泛素化，泛素化蛋白质组学 中图分类号：S85515 全球分析的泛素组在PRRSV感染细胞中显示，PRRSV的感染不仅影响宿主细胞的常规功能，还可能通过改变泛素化状态来逃避宿主的免疫应答，揭示了病毒与宿主之间复杂而精细的生物学互动。未来的研究需要进一步解析这些上调和下调泛素化位点的具体功能，以及它们如何在PRRSV生命周期中发挥作用，以期找到新的干预策略。

PRRSV M蛋白细胞系的培育及其在CTL检测方法中的应用

2020-01-18 上传
PRRSV M蛋白细胞系的培育及其在CTL检测方法中的应用，蒋文明，姜平，目的 探讨PRRSV M基因在哺乳动物细胞NIH/3T3细胞中的表达，建立一种非放射性、简便易行的检测特异性细胞毒T淋巴细胞（CTL）的方法。方�

Ubiquitin基因介导下的PRRSV GP5基因免疫特性研究

2020-02-13 上传
Ubiquitin基因介导下的PRRSV GP5基因免疫特性研究，蒋文明，汤玉瑜，泛素-蛋白酶体途径是一种高效蛋白降解途径，主要负责真核细胞内蛋白选择性降解。GP5囊膜糖蛋白是PRRSV的主要结构蛋白，为了评价泛素

PRRSV NADC30-like毒株的分离鉴定

2020-01-01 上传
在Marc-145细胞系上，通过TCID50实验（即50%组织培养感染剂量实验）来测试这些毒株的增殖能力，结果表明，重组毒株WUH6的增殖能力比NADC30-like毒株强，但比HP-PRRSV毒株弱。 本研究不仅揭示了NADC30-like毒株在...

import os fasta_file = "E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV.fasta" new_id_file = "E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prr.txt" if not os.path.exists(fasta_file): print("Error: Fasta file does not exist!") exit() if not os.path.exists(new_id_file): print("Error: New id file does not exist!") exit() try: with open(new_id_file, "r") as f: new_ids = [line.strip() for line in f] except: print("Error: Failed to read new id file!") exit() try: with open(fasta_file, "r") as f: lines = f.readlines() except: print("Error: Failed to read fasta file!") exit() new_lines = [] for line in lines: if line.startswith(">"): # 获取当前id在新id列表中的索引 id_str = line.strip().lstrip(">") if id_str.isdigit(): index = int(id_str) - 1 else: try: index = new_ids.index(id_str) except ValueError: print("Error: Id not found in new id file! ({})".format(id_str)) exit() # 替换为新id new_lines.append(">{}\n".format(new_ids[index])) else: new_lines.append(line) # 将替换后的fasta文件写入新文件 with open("E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prrsv.txt", "w") as f: f.writelines(new_lines)

2023-06-12 上传
fasta_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV.fasta" new_id_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prr.txt" new_fasta_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prrsv.txt" if not os.path.exists(fasta_file...

Building a new DB, current time: 06/07/2023 18:18:40 New DB name: /DATA/Chenhu/Blast/PRRSV/PRRSV New DB title: PRRSV.fasta Sequence type: Nucleotide Keep MBits: T Maximum file size: 1000000000B Adding sequences from FASTA; added 1554 sequences in 0.298695 seconds

2023-06-08 上传
这是一个建立PRRSV核酸序列数据库的命令，命令输出信息显示建库成功，共添加了1554条序列，建库所用时间为0.298695秒。建库命令中指定了数据库名称为`/DATA/Chenhu/Blast/PRRSV/PRRSV`，数据库标题为`PRRSV.fasta`，...

python : 无法将“python”项识别为 cmdlet、函数、脚本文件或可运行程序的名称。请检查名称的拼写，如果包括路径，请确保路径正确，然后再试一次。 所在位置 行:1 字符: 1 + python .\change_fasta_id.py .\PRRSV.fasta .\PRRSV.fasta + ~~~~~~ + CategoryInfo : ObjectNotFound: (python:String) [], CommandNotFoundException + FullyQualifiedErrorId : CommandNotFoundException

2023-06-12 上传
其中，C:\Python38\python.exe 是你的 Python 安装路径，change_fasta_id.py 是代码文件名，PRRSV.fasta 和 new_ids.txt 是实际的文件路径。 如果你希望在任意目录下都可以使用 python 命令，可以将 Python 安装...

import osfasta_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV.fasta"new_id_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prr.txt"new_fasta_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prrsv.txt"if not os.path.exists(fasta_file): print(f"Error: Fasta file does not exist: {fasta_file}") exit()if not os.path.exists(new_id_file): print(f"Error: New id file does not exist: {new_id_file}") exit()try: with open(new_id_file, "r") as f: new_ids = [line.strip() for line in f]except FileNotFoundError: print(f"Error: Failed to read new id file: {new_id_file}") exit()try: with open(fasta_file, "r") as f, open(new_fasta_file, "w") as nf: for line in f: if line.startswith(">"): # 获取当前id在新id列表中的索引 id_str = line.strip().lstrip(">") if id_str.isdigit(): index = int(id_str) - 1 else: try: index = new_ids.index(id_str) except ValueError: print(f"Error: Id not found in new id file! ({id_str})") exit() # 替换为新id nf.write(f">{new_ids[index]}\n") else: nf.write(line)except FileNotFoundError: print(f"Error: Failed to read fasta file: {fasta_file}") exit()

2023-06-12 上传
这段代码的作用是将一个fasta格式的序列文件中的ID替换为一个新的ID，新ID存储在一个文件中。 具体来说，代码首先检查fasta文件和新ID文件是否都存在，如果不存在则输出错误并退出程序。然后读取新ID文件中的ID列表...

这串代码import osfasta_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV.fasta"new_id_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prr.txt"new_fasta_file = r"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\prrsv.txt"if not os.path.exists(fasta_file): print(f"Error: Fasta file does not exist: {fasta_file}") exit()if not os.path.exists(new_id_file): print(f"Error: New id file does not exist: {new_id_file}") exit()try: with open(new_id_file, "r") as f: new_ids = [line.strip() for line in f]except FileNotFoundError: print(f"Error: Failed to read new id file: {new_id_file}") exit()try: with open(fasta_file, "r") as f, open(new_fasta_file, "w") as nf: for line in f: if line.startswith(">"): # 获取当前id在新id列表中的索引 id_str = line.strip().lstrip(">") if id_str.isdigit(): index = int(id_str) - 1 else: try: index = new_ids.index(id_str) except ValueError: print(f"Error: Id not found in new id file! ({id_str})") exit() # 替换为新id nf.write(f">{new_ids[index]}\n") else: nf.write(line)except FileNotFoundError: print(f"Error: Failed to read fasta file: {fasta_file}") exit()报错UnicodeDecodeError: 'gbk' codec can't decode byte 0xa0 in position 801: illegal multibyte sequence

2023-06-12 上传
这个错误通常是因为你的程序在尝试读取一个以其他编码格式编码的文件时，使用了错误的编码格式。你可以尝试使用正确的编码格式重新打开文件，或者使用Python内置的编码库对文件进行解码。以下是一个解码示例： ...

写一个fasta id替换代码，其中新id在txt文件 新id内容包含旧id

2023-06-13 上传
假设fasta文件路径为"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV.fasta"，新id文件路径为"E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV_newid.txt"： ``` import os fasta_file = "E:\泛基因组分析\ORF\ORF_xml\PRRSV.fasta" new_...

import requests with open('PRRSV.txt','r') as f: file_names = f.readlines() for file_name in file_names: file_name = file_name.strip() url = f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff" response = requests.get(url) with open(f'{file_name}.gbff', 'wb') as f: f.write(response.content)

2023-06-06 上传
其中，文件名列表保存在PRRSV.txt文件中，每个文件名占一行。 代码的具体功能如下： 1. 使用Python的open()函数打开PRRSV.txt文件，并将文件中的所有行读取到一个列表中。 2. 遍历文件名列表，去掉每个文件名中的...
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