Cytoscape入门：构建与定制网络与节点颜色

Cytoscape是一款强大的网络可视化和分析软件，适用于系统生物学、基因组学和蛋白质交互网络的研究。本文将详细介绍如何进行Cytoscape的基本操作，包括构建网络和设置网络样式。 1. **构建网络** - 新建网络：打开Cytoscape，可以通过File菜单中的"Import"-> "network from table (text/msexcel)"来创建一个空白网络。用户需要选择包含节点和边的数据文件，其中"Input file"列对应导入文件，源节点和目标节点通常由"Source"和"Target"列定义。默认的Interaction type通常为"pp"类型，但可以根据具体需求进行调整。 - 导入数据：通过指定源节点、目标节点和其他列的关系，构建网络结构。非关键列被标记为叉时，表示不作为边的属性显示；若需添加，只需选中相应列。 2. **设置网络布局** - 默认布局：新建的网络采用Grid Layout，但可以切换到其他布局，如Force-Directed Layout（点击Layout工具栏并选择）以实现更动态的效果。Force-Directed Layout有助于展示网络的自然连接模式。 3. **节点属性管理** - 导入节点属性：通过File -> "Import" -> "Attribute from table"导入属性文件，为节点添加额外的信息。导入后，节点属性列会被添加到Data Panel中，例如"column1"和"column2"。 4. **视觉映射设置** - 节点颜色：在VizMapper中，选择节点属性"nodecolor"，将其映射到所需的属性（如"column2"），选择连续映射类型。点击Graphical view后，调整颜色范围，例如最小值0和最大值4，并添加颜色分割以区分不同簇。 5. **颜色定制** - 修改颜色：在颜色选择器中，自定义节点颜色，双击分隔符选择新的颜色。这一步骤确保了节点颜色与所选属性紧密关联。 6. **整体风格调整** - 最终效果：通过以上步骤，用户可以创建出具有个性化颜色编码和布局的网络图，以便更好地理解和分析网络中的节点间关系。 通过这些Cytoscape简单操作，用户可以有效地组织和呈现复杂的数据网络，使其更具可读性和洞察力。这对于生物信息学研究者来说，是必不可少的技能之一。