细菌寄生虫群落与水飞行鼠种群的时空特征初探

在UMR 6249 CHRONO-ENVIRONNEMENT准备的勃艮第弗朗什-孔德大学博士论文第554号博士学校环境与健康生物学博士通过维莱特·佩特拉突破性化石水飞行（Arvicola terrestris）种群中细菌寄生虫群落的空间和时间特征：静态均匀性还是动态异质性？论文于2018年夏邦纳医生娜塔莉UMR CBGP报告员、主席桑德拉·特尔弗博士阿伯丁大学高级研究员报告员雅各布博士和延斯Julius Kühn-Institut审查员帕特里克·吉罗杜博士勃艮第弗朗什-孔泰论文主任博士弗朗索瓦·科森研究总监，INRA-ANSES-ENVA，UMR 0956 BIPAR论文联合主任艾芙·阿方索博士勃艮第弗朗什-孔泰大学讲师论文联合主任i内容物摘要V总结七认可IX图十五列表表十九列表与论文相关的出版物xxi1引言11.1稳定的人口波动11.2假设三1.3寄生虫121.4Arvicola terrestris141.5论文目的192研究中心和分子分析232.1研究中心232.1.1动物诱捕和解剖252.1.2富足指数282.2鉴定细菌性寄生虫302.2.1DNA提取312.2.2PCR扩增和测序332.2.3生物信息学和数据过滤332.2.4OTU选择352.3简短报告-器官选择在人群中描述病原体组合的后果3丰富的Arvicola terrestris种群的寄生细菌群落3.1导言433.2材料和方法453.2.1统计分析453.3结果473.3.1主机和OTU473.3.2社区基础设施483.3.3组件社区52ii3.4第57章4A.长期变化 细菌性寄生虫群落654.1导言654.2材料和方法664.2.1统计分析774.3结果704.4讨论765结论和今后的方向835.1重新审视论文目标835.2警告和限制855.2.1高吞吐量排序855.2.2细菌性寄生虫875.3寄生虫社区885.3.1细菌寄生虫协会885.3.2空间模式885.3.3寄生虫复合体社区905.3.4下一步：2016-2018年915.3.5鉴定细菌寄生虫物种相互作用945.4其他问题955.4.1空间尺度955.4.2时间尺度965.4.3寄生虫病的后果965.4.4最后一个音符98A Villette et al.（2017）的补充材料-简短报告-内容-描述啮齿动物群体中病原体组合的器官选择的后果A.1补充材料1-测序方法100A.2附加材料2-OTU累积曲线108A.3补充材料3-案例研究110A.4补充材料4-个人效果113B Arvicola terrestris115中的寄生细菌B.1巴尔多奈115B.2波氏杆菌116B.3布鲁氏菌病117B.4新埃里希菌候选菌118B.5丝杆菌118B.6钩端螺旋体119B.7支原体和脲胞浆菌120iiiB.8分枝杆菌-123B.9巴氏杆菌和丙酮杆菌124B.10 立克次氏体124参考书目127ivv摘要100多年来，啮齿动物的多年种群波动一直吸引着科学家，并已被证明是非常难以解释的。弗朗什-孔泰地区的化石水蝇Arvicola terrestris是一种每5-8年（平均6年）表现出这些多年爆发的物种，峰值密度超过200只/公顷，达到>600只/公顷。在如此高的密度下，苍蝇会造成重大的农业损失，并作为病原体的宿主对人类健康构成风险。峰值密度可能在普通尺度（~25 km2）局部持续长达3年，目前还没有方法预测何时会下降。目前关于ROND种群突破的假设不能解释A中下降阶段的时间。这一地区的陆地死亡;捕食者本身似乎无法煽动崩溃，即使在食物充足的情况下，衰退也会占据上风。病原体和寄生虫是一个假设，在这个系统中没有得到太多的关注，对这只啮齿动物所宿主的细菌寄生虫也一无所知。细菌寄生虫可能是该物种寄生虫群落的重要组成部分，可能在减少中发挥作用，也可能是预测何时减少的工具来源。我们在这里介绍了三年工作的结果，研究细菌寄生虫在A。从五个A含量增加或高度丰富的城市采集的土壤。法国弗朗什-孔泰的汝拉省和杜布省的人口。利用元条形码和高通量测序技术，我们试图在多个尺度上表征该啮齿动物细菌寄生虫群落的空间和时间异质性。我们进行了一项初步研究，以评估个体宿主内不同器官的细菌群落的异质性，并发现心脏、肝脏、肺、脾脏和肾脏在个体动物内宿主不同的细菌，并且所有五个器官都是覆盖这些个体内宿主的细菌寄生虫群落所必需的。使用2014-2016年春季和秋季采集的动物，我们测量了个体宿主（亚群落）和宿主种群（组成群落）细菌寄生虫丰度，以及这两个尺度上细菌群落的成对相似性。 我们发现，亚群落的丰富度最好由外在因素（位置和日期）来预测，虽然亚群落的组成即使在人口内部也是高度异质的，但亚群落的相似性与地理距离显著相关（如果微弱）。我们确定，组成社区丰富度最好通过当前的当地丰度来预测，并且地点之间的地理距离和组成社区相似性不相关。vi为了评估细菌群落组成的长期颞叶异质性，我们比较了A. 2003 -2005年从我们的三个研究中心采集的子宫内膜到2015-2016年采集的脾细胞; 2003-2005年检测到的22种UTU中，2015-2016年检测到11种，在最近采集的脾脏中未检测到的11种UTU中，6种在受试动物的其他器官中检测到。 我们使用IndVal方法确定了晚期高丰度期的潜在指标，作为预测下降时间的潜在管理工具;然而，我们确定的三种细菌中只有一种是2003-2005年晚期高丰度期的指标，出现在2015-2016年采集的脾脏中。我们已经证明，如果使用适当的采样方法，高通量测序和元条形码技术可用于鉴定啮齿动物宿主中的细菌寄生虫，并为我们进一步研究A. 在这个地区的土地。2017-2018年在下降和低密度阶段收集的额外样本可能会提供更多见解。vii摘要100多年来，啮齿类动物的多年种群波动一直吸引着科学家，并被证明对它们的解释非常抗拒在弗朗什-孔泰，Arvicola terrestris是每5-8年（平均6年）出现一次多年繁殖的物种之一，最大密度超过200只/公顷，最高可达600只。在这种密度下，它造成重大的农业损失，并作为病原体的宿主对人类健康构成风险。在人口高峰期，高密度可在整个社区局部持续长达三年，目前还没有方法预测何时会出现下降。目前关于啮齿动物种群数量的假设并不能解释该地区Arvicola terrestris下降阶段的时间;捕食者似乎不能单独导致下降，即使有充足的食物供应，下降也可能发生。病原体和寄生虫是一个假设，在这个系统中没有得到太多的关注，对这种啮齿动物所携带的细菌寄生虫也一无所知。细菌寄生虫可能是该物种寄生虫群落的重要组成部分，可能在减少中发挥作用，也可能是预测何时发生减少的工具来源。在这里，我们介绍了在弗朗什-孔泰的汝拉省和杜布省的五个具有生长或高密度Arvicolaterrestris种群的城镇收获的Arvicolaterrestris细菌寄生虫群落的三年工作结果。 使用高通量代谢条形码和测序技术，我们试图在多个尺度上表征这种啮齿动物细菌寄生虫群落的空间和时间异质性。我们进行了一项初步研究，以评估我们发现，在同一只动物中，心脏、肝脏、肺、脾脏和肾脏是不同细菌的宿主，而这五个器官是覆盖这些个体中宿主的细菌寄生虫群落所必需的使用2014-2016年春季和秋季捕获的动物，我们测量了个体（亚群落）和宿主种群（组分群落）的细菌寄生虫丰度，以及两个尺度上细菌群落对的相似性我们发现，外部因素（地点和日期）最能预测亚群落丰富度，尽管亚群落组成在种群内高度异质viii与地理距离的相关性较低 我们发现，当前的局部丰度最能预测群落的丰富度，而地点之间的地理距离和组成群落的相似性并不相关。为了评估细菌群落我们使用我们已经证明，如果使用适当的采样方法，高通量测序和元条形码技术可用于鉴定宿主啮齿类动物中的细菌寄生虫，并为进一步研究该地区的Arvicola terrestris细菌寄生虫2017-2018年在下降和低密度阶段收集的额外样本ix确认书我想感谢我的三位导师，Patrick Giraudoux、Jean-François Cosson和Eve Afonso，感谢他们的指导、支持、建设性的批评、在现场和实验室的帮助，以及在这个博士学位期间的咖啡;这是一次狂野的旅程，我很感激有你们三个人在这里的每一步我还要感谢我的论文委员会成员GwenaëlVour 'c和Serge Morand，感谢他们在整个项目中的反馈和支持，感谢你们召开了如此伟大的委员会会议如果没有许多人的帮助，特别是FREDON-FC的Geoffroy Couval和Aurélien Levret（弗朗什-孔泰有害生物控制区域防御联合会）的帮助，本论文所依据的实地工作是不可能的。我还要感谢FREDON-FC的其他工作人员，他们在球场上的帮助是非常感谢的：朱莉·蒙塔斯、赫米尼·皮尔纳维耶哈、奥雷利·吉斯林-维特克、玛丽琳·丰塔尼耶、贝朗热尔·福斯卡林和尼古拉斯·巴辛。来自Chrono-Environnement实验室的Thibault Moulin、Virgile Baudrot、Javier Fernandez-de-Simon、Amaël Dupaix、Dominique Rieffel、Vincent Driget和José Gonzalo Zapata Carbonell非常愿意自愿贡献他们的时间，并在现场提供帮助，谢谢!Anne-Claude Goydadin-Gabiot在几个场合协助我进行实验室工作，对此我非常感激。非常感谢蒙彼利埃人口管理生物学中心的工作人员在2015年接待了我五周，特别是Caroline Tatard在实验室的出色培训和协助完成了我们的第一次测序运行，Max Galan对测序库进行了PCR定量，并对我们所有的测序运行进行了测序分析和分类学分类;非常感谢你们的辛勤工作和耐心回答我的问题。历 史 样 本 是 在 博 士 的 监 督 下 收 集 的 来 自 蒙 彼 利 埃 人 口 管 理 生 物 学 中 心 的 NathalieCharbonnel;感谢您与我分享他们及其相关数据。 感谢Jean-Baptiste Pons对Aurélien和我进行现场解剖的培训。这项研究得到了粮食、农业和渔业部与汝拉农业商会、贝尔福地区杜布斯农业部门间商会、法国农业信贷银行、勃艮第弗朗什-孔泰地区和国民议会安妮·热内瓦德夫人办公室的财政支持高通量测序结果部分是通过ISEM（Institut des Sciences de l 'Evolution-Montpellier）和Labex Centre Méditerranéen Environnement的基因分型和测序设施获得的x生物多样性。 分析是在人口管理生物学中心HPC计算平台上进行的，感谢Alexandre Dehne-Garcia，并在弗朗什-孔泰计算中心的超级计算机设施上进行的。这项工作是在汝拉弧工作室区域框架内进行的（www.zaaj.univ-fcomte.fr）。感谢所有参加报业俱乐部的人，特别是本杰明·迪特尔（他作为我的乳胶大师负有双重责任）和哈维尔·费尔南德斯·德·西蒙，以及艾哈迈德·阿卜杜勒·埃尔莫拉。 感谢（并拥抱）RiyaSharma、Diane Gold、Julia Madison和Jared Daley从大洋彼岸给予的鼓励。最后，我想感谢我的家人;九个小时的时间差异并不容易，但护理包，会议电话，和爱使它更容易感谢我的妈妈和爸爸对我的信任，感谢我的妹妹莱克萨是一个不断的灵感来源和一个没有其他人的音板，并帮助捕捉我飞，而你的假期（再次）;我保证，这是最后一次...xi图列表1.1来自北半球的四个啮齿动物种群动态的例子1.26个不同时间点采集的小袋鼠种群的时间序列在法国的一年............................................................................................................... 71.3《爆发的阶段》，根据克雷布斯和迈尔斯（1974）修改 注：丰度是对数变换的;假设的未变换密度时间序列用虚线表示，显示季节性波动（另见图1.1.A和1.1.C）。下面列出了在周期的四个不同阶段观察到的人口变化，并附有例子。人口。........................................................................................................................... 81.4成虫Arvicola terrestris。图片来源：Petra Villette............................................. 151.5从1989年到2004年，杜布斯省每年都有普遍的水资源短缺。 n是记录数据的市镇数。 颜色表示丰度：红色为高丰度，橙色为中等丰度，黄色为低丰度，淡黄色为低丰度缺席和灰色是无数据。摘自Berthier等人（2014年）.........................................161.62002年春季、2002年和2003年秋季，弗朗什-孔泰Nozeroy州的草原上出现了大量的Arvicola terrestris。 灰色阴影表示当地水资源丰富，圆圈是收集个体样本进行基因分析的采样地点。2002年春季，采样地点之间的遗传相似性（作为总体F ST和成对F ST比较测量）较低（由不同颜色的圆圈表示），并随着丰度的增加而增加（颜色变得更加相似）。箭头表示这一时期的分散方向;大部分分散发生在东北部和西南部。图2.3中的数字Delattre和Giraudoux（2009年）以及Berthier等人的数据。（2006年）。.17xii2.1研究区域。法国东部杜布省和汝拉省的立面图。 Arvicola terrestris突出出现的区域用灰色椭圆表示，并在海拔400-1400米范围内形成高原-山脉系统。 点框显示了b）历史（2003-2005年）和当前（2015-2016年）采样位置中显示的区域，并附有Arc-sous-Montenot、Cuvier和Doye的照片。资料来源：地形图来自GTOPO30，数据来自美国地质调查局。部门边界来自OpenStreetMap©OpenStreetMap贡献者，数据可在开放数据库许可证下获得。卫星图像来自谷歌地图，©谷歌，陆地卫星/哥白尼，数字地球。照片由佩特拉·维莱特提供。242.2在草地上诱捕Arvicola terrestris。（a）Arvicola terrestris tumuli; tumuli是近似的。直径20厘米，高度5- 10厘米b）选择一个新鲜的土丘（土壤潮湿且易碎，没有植被在其中发芽），并将其挖起，露出一个或多个隧道。（c）将一个未受威胁的谢尔曼陷阱放置在洞内，与其中一个暴露的隧道对齐。已标记陷阱他们有一个唯一的字母数字代码，他们的GPS位置被记录。262.3在田间解剖Arvicola terrestris。a）在采样会话期间，在每个采样位置设置便携式帐篷。（b）解剖开始时的一只成年地Arvicola terrestris。c）解剖表，组织用于容纳两个同时解剖和元数据记录（动物体重、性别等）..............................................................................................272.4评估地方和地块尺度上Arvicola terrestris的丰度。A. Terrestris殖民地显示为棕色圆圈（未按比例）。A. Arc-sous-Montenot市（以红色突出显示）按车辆进行评分，评分范围为0至5（0未显示）。0 -否A。Terrestris标志在任何地块内的城市。低或无A。与同一隧道系统共存的terrestris tumuli、voles和moles（Talpaeuropaea），2 -A。 Terrestris tumuli存在于公社内的一些地块中，鼹鼠伯罗系统仍然存在于一些地块中，3-A。 Terrestris tumuli存在于公社内的一些地块中，公社中存在很少或没有鼹鼠burrow系统，4-A。在大多数牧场和牧场上建立了terrestris殖民地，5-所有的公社都被A殖民。 地球。基于Delattre和Giraudoux（2009）b的图19.6。使用Giraudoux等人描述的样带方法，通过足对Arc-sous-Montenot（A中的黄色框）中的地块进行评估。（1995年）。5米宽的样条（紫色线）被分成10米长的样条;如果样条包含新鲜的A. terrestris tumuli，间隔记录为A的阳性。地球。A正样带中区间的比例。地量被认为是一个丰富的指数。........................................................................................292.5用于处理组织样品的工作流程图............................................................................. 32xiii2.6自举操作分类学单位（OTU）在13只雄性Arvicola terrestris中检测到的潜在致病性细菌OTUs数量的累积曲线，筛选的器官数量增加。器官按平均OTU丰度排序，心脏的平均OTU丰度最高，肺的平均OTU丰度最低。 灰色带的置信区间为95%（999次迭代）。动物是2014年11月在法国弗朗什-孔泰收集413.1A的丰度估计值。在法国弗朗什-孔泰的五个市镇。线条表示使用步行线样带（最长样带，1.2 km）估计的丰度指数的变化，而彩色条纹表示基于在共同水平进行的视觉评估的丰度指数的变化。Censeau、Cuvier、Doye和Onglières的条带部分苍白，表明数据缺失（FREDON对这些条带的目视检查）2016年春季未进行市政管理.................................................................................... 493.2从弗朗什-孔泰地区的5个采样点收集的32种UTU在Arvicola terrestris中被鉴定为寄生细菌的全球流行率。 编号后缀用于区分分配给同一属的OTU; OTU是通过将序列合并在一起形成的97%相似性截止值503.3nMDS协调各个OTU社区之间的Jaccard距离。每一个点代表一个单一的动物寄生细菌OTU群落，点在排列上更接近于一起。与其他类似。...................................................................................................................... 533.4a）2014年秋季至2016年春季从弗朗什-孔泰五个地点采集的Arvicolaterrestris细菌亚群落丰度（个体寄生细菌OTU丰度，OTU/动物）的箱形图和饼图。自举社区成分丰富度（在人群中发现的细菌性UTI数量）。（c）Meta-社区丰富度（每个样本数据在所有研究中心发现的OTU数量）。 错误条是标准错误.....................................................................................................................................543.5Jaccard距离与每个采样周期的采样点陷阱质心之间的地理直线距离（即，不显示不同日期的采样会话之间的Jaccard和地理距离）。Censeau<、Cuvier、Onglières和Doye之间的地理距离为10公里，所有这些都位于Nozeroy连续草原区。这四个地点与Arc-sous-Montenot（AM）之间的距离注释为AM x Nozeroy563.6Arc-sous-Montenot（AM）、Censeau（CE）、Cuvier（CU）、Doye（DY）和Onglières（NG）细菌寄生虫组成群落的Jaccard差异的nMDS排序。............................................................................................................................. 58xiv4.1用于确定季节或性别是否重要的量表插图矩形表示在以下位置合并后每个研究中心的动物数量：每个刻度。................................................................................................................. 694.22002-2016年法国弗朗什-孔泰的居维叶、多耶和翁利埃的普通水平Arvicolaterrestris丰度。 丰度范围为0-无A。在公社到5个被A殖民的所有地块中观察到的蚯蚓。地球。Ribbons中的差距表示缺少数据。....................................................................704.32002 -2006年和2015-2016年法国弗朗什-孔泰的居维叶、多耶和翁利埃的Arvicola terrestris的基于横断面的丰度估计。 季节用符号表示，动物被捕获的时期用实心符号表示，进行横断面但没有动物被捕获的时期用开放符号表示。周期阶段用阴影矩形714.42003-2005年和2015-2016年法国弗朗什-孔泰Cuvier、Doye和Onglières的Arvicola terrestris寄生虫脾UTU患病率。 OTU按全球发生率排序，仅在2003-2005年数据集中出现的OTUs以粗体显示。星形风险表示OTU在2014-2016年从其他机构收集的样本.................................................................. 734.5不同聚类尺度下最大统计学显著IndVals从广义（阶段）到具体（阶段、季节、性别）。................................................. 754.6在Cuvier（CU）、Doye（DY）和Onglières（NG）的秋季高丰度采样会话中，具有统计学显著性高（>0.75）最大-最小IndVals的3种OTU的患病率。通过自举估计95%置信区间。.............................................................................................765.1A的丰度估计值。从2014年秋季到2018年春季，我们在法国弗朗什-孔泰的五个公社的土地。 线指示使用步行线样带估计的丰度指数的变化（最长样带，1.2公里），而彩色条纹表示基于在社区一级进行的视觉评估的丰度指数的变化。条带的苍白部分表示缺失数据。 采集和解剖动物的采样时间用实心圆圈表示;本论文分析中包含的样本位于垂直红线的左侧;仍待分析的样品在两条红线之间。......................................................................... 925.22015 年、2016年和2017年10月、11月和12月，Arc-sous-Montenot （ AM ） 、Censeau（CE）和Doye（DY）的局部样带丰度（由于大雪，2017年12月没有数据）。按照中所述方案，每个月捕获并解剖动 物 。第二章93xvA.1补 充 图 S1 ： 从A）法国Arc-sous-Montenot 市 和 B ） 法 国 Censeau 市 采 集 的Arvicola terrestris的心脏、肺、肝脏、脾脏和肾脏中检测到的潜在致病性细菌操作分类-命名单位（OTU）数量的自举OTU累积曲线（999个单位）。当器官在动物体内合并时，也显示了两者的OTU蓄积曲线。单独和共同的社区（C）109A.2补 充 图S2： 2014年11月至5月在法国弗朗什-孔泰的Arc-sous-Montenot（A）和Censeau（C）市采集的13只雄性Arvicola terrestris的心脏、肝脏、肺、肾脏、脾脏和合并器官中潜在致病性细菌组合的Jaccard差异性NMDS排列。 个体动物由数字指示，在点重叠的情况下，数字显示在其各自点的下一个位置（例如， 动物1、4、5、8和9具有相同的肺组件，并且因此映射到肺面板中的相同点）111xvixvii表列表2.1采样位置坐标。2003-2005年和2015-2016年对居维叶、多耶和翁利埃-雷斯市进行了采样; 2015-2016年翁利埃市的采样位置可能与2003-2005年不同，因为景观发生了变化（草地现在被清理）; 2015-2016年的采样位置可能与2003 -2005年不同。该地点距离2003-2005年采样地点不到2公里........................................................232.2采样会话日期和采集的动物数量（雄性、雌性）。二十五2.3分析中包括的OTU属及其流行率（表示为所有样本和每个器官的百分比）402.4每个器官的平均OTU丰度和标准误差，以及动物体内合并的2.5固定效应的参数估计值（对数尺度）和标准......................................................... 误差以及器官平均OTU丰富度的广义线性混合效应模型的随机效应的方差和3.1每个采样中心每次采样期间采集的动物总数（N）和雄性和雌性数量（M，F）总结，以及平均干眼晶状体重量（mg，括号中的标准差）和生殖活跃个体的比例（男性、女性）。..................................................................................................... 483.2弗朗什-孔泰Arvicolaterrestris亚群落财富模型（OTU/动物）的模型选择结果。使用零膨胀泊松广义线性回归（计数分量为对数链接）和二项式分布（零分量为对数链接）对社区内财富进行建模。 模型选择中使用的术语是当前局部（样带）丰度指数（t-ab 0）、地点、性别、生殖状况、日期（季节和年份）和前一季节的共同水平丰度指数（约 6个月前r，F-a b-6）和前一年（12个月）Prior，F-ad-1251.................................................................................................................................................3.3表3.2中模型（5）和（13）的参数估计值。 t-ab 0是通过横断面估计的当前局部丰度，并根据干晶状体体重（<5 mg-青少年，5 mg ≤和<7 mg-年轻成人，7）分配年龄分类。mg ≤-老年人。..........................................................................................................52xviii最大值印度印度印度最大值印度3.4亚群落差异的PERMANOVA结果（Jaccard距离）。边际平方和（即III型t-ab 0是当前的局部丰度（基于横断面），F-ab-6和F-ab-12是6个月和1年前的常见丰度，根据干晶状体重量分配年龄组（青少年、年轻成人、老年成人）。在纳入模型之前，使用纯素包装的β-二阶函数评估因素的异方差性。..........................................................553.5使用具有高斯族和恒等式链接的广义线性模型建模的社区财富分量的模型选择结果。包括的参数为基于横断面的丰度（t-ab 0）、部位、6个月前（F-ab− 6）和12个月前（F-ab − 12）的FREDON丰度、日期和1/10 mg的平均晶状体重量。进行了详尽的搜索;如果模特的最大VIF评分大于10和Δ AIC，则将其排除。评分低于2分。...........................................................................................................553.6表3.5中模型（3）和（7）的参数估计值。t-ab0是当前局部丰度（基于横断面）573.7组件社区Jaccard距离的PERMANOVA结果。t-ab 0是基于横断面的局部电流丰度，F-ab− 6是从6个月前r开始的共同水平丰度，F-ab− 12是从6个月前r开始的共同水平丰度。57年前12个月4.1如何计算阶段中每个OTU的IndV alg的示例赛季组级别。丝状杆菌-1（Filo. - 支原体-4（Myco. -4）在每个采样会话中显示，分组按阶段和季节划分。每个组的Ag计算为平均Preva-该组OTU的百分比除以所有组的平均患病率之和。对于每个组，Bpa的计算方法为该组中OTU为正的研究中心数除以该组中的研究中心总数组。Indv alg是A g的乘积。和Bpa，和IndV alg（对于两个OTU以粗体显示）是最大IndV alg。P值使用Dufrene和Legendre（1997）描述的置换方法估计（1000次迭代）。.....684.2从A.采集的脾脏中发现的UTU的平均人群患病率（%）和标准差。2003-2005年和2015-2016年在居维叶、多耶和翁利耶尔市捕获的terrestris个体。OTU按2003-2005年样本期平均患病率的增加排序（如图4.4所示）。 *在2015-2016年采集的其他动物器官中检测到这些UTU的迹象，因此目前仍存在A. 这些地点的蚯蚓寄生虫群落。................................................................................ 72