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⃝⃝可在www.sciencedirect.com上在线获取ScienceDirectSoftwareX 5(2016)31原始软件出版物www.elsevier.com/locate/softxSpectraFox:一个免费的开源数据管理和分析工具,用于扫描探针显微镜和光谱学迈克尔·鲁比Freie Univer sit aüt Berlin,Arnimallee 14,14195 Berlin,Germany接收日期:2016年2月1日;接收日期:2016年4月1日;接受日期:2016年4月5日摘要在过去的几十年中,扫描探针显微镜和光谱学已经成为纳米技术和表面科学中的成熟工具。这为许多商业制造商打开了市场,每个制造商都有不同的硬件和软件标准。除了各种可用硬件的优势外,软件的多样性可能会使科学家之间的数据交换复杂化,以及使用不同制造商开发的硬件的团队的数据分析。不仅文件格式因制造商而异,而且数据在发布之前通常需要进一步的数字处理SpectraFox是一个开源和独立的工具,用于管理,处理和评估扫描探针光谱和显微镜数据。它旨在简化与测量并行的文档,并为大量数据提供可靠的评估工具。c2016作者。由Elsevier B.V.发布。这是CC BY许可下的开放获取文章(http://creativecommons. org/licenses/在/4。0/)。关键词:扫描探针显微镜;扫描探针光谱;数据概述;数据管理;数据分析;批处理代码元数据当前代码版本2016.04.01.0此代码版本使用的代码/存储库的永久链接https://github.com/ElsevierSoftwareX/SOFTX-D-16-00022法律代码许可证LGPLv3.0使用git的代码版本控制系统软件代码语言、工具和服务使用VB.NET、C#编译要求、操作环境依赖项.NET Framework 4.5如果可用,链接到开发人员文档/手册http://wiki.spectrafox.com问题支持电子邮件contact@spectrafox.com软件元数据当前软件版本2016.04.01.0此版本可执行文件的永久链接https://github.com/ElsevierSoftwareX/SOFTX-D-16-00022法律软件许可证LGPLv3.0计算平台/操作系统Microsoft Windows Vista或更高版本(32位或64位)安装要求依赖.NET Framework 4.5,数据采集工具:SPECS/Nanonis,Omicron/Matrix,Createc,Nanotec/WSxM如果可用,链接到用户手册-如果正式出版,包括参考出版物在参考列表http://wiki.spectrafox.com问题支持电子邮件contact@spectrafox.com电子邮件地址:m@mikeruby.net。http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2016.04.0012352-7110/c2016作者。由Elsevier B.V.发布。这是CC BY许可下的开放获取文章(http://creativecommons. org/licenses/by/4. 0/)。32M. Ruby / SoftwareX 5(2016)311. 动机和意义扫描探针显微镜和光谱学已成为现代表面科学的关键技术之一。这是由于它在实际空间调查的能力,面结构及其局部电子或磁环境。该技术已经分叉成许多不同的变体,专门用于不同的研究领域[1它们都有一个共同点,即一个尖锐的探针,例如金属丝的顶点,在附近扫描样品表面所测量的量揭示了尖端和样品之间的相互作用,其可以是,例如,扫描隧道显微镜中的电流,或者原子力显微镜中的力。独立于显微镜的精确操作原理,可以生成两种类型的数据。在扫描探针显微镜(SPM)的输出是一个二维矩阵的值表示的空间变化的一个特定的样品参数。最突出的例子是表面形貌。在扫描探针光谱(SPS)中,输出是一维值迹,其在单个空间位置处被记录,其中样品的反应在结参数的变化上被测量。例如,在扫描隧道光谱中,改变样品偏置电压以测量结的微分电导。在过去的几十年里,许多独立的研究实验室和制造商已经改进了SPM和SPS这包括构建不同的数据采集系统,其中大多数使用专有文件格式来存储数据。这使科学家之间的交流变得复杂。 对于处理来自不同制造商的硬件的研究小组来说,这尤其成问题。硬件供应商提供的到目前为止,只有两个免费的工具解决这些问题[7,8]。其中只有一个在开源许可证的条款下可用。这些程序的重点在于处理显微镜图像,而不是光谱文件。SpectraFox是一个免费、独立和开源的数据管理和分析工具,它弥补了这一差距,并专注于光谱文件的处理。它适用于在正在进行的测量过程中对项目进行跟踪,以保持测量数据的概览,并快速提取数据以进行记录。测量后,SpectraFox提供工具进行详细的数据分析和评估。它包括许多功能,如适用于整批文件的简单数值数据处理,或更复杂的功能,如非线性最小二乘拟合和高级可视化技术。最后,它可以导出所有结果,例如,到商业软件中使用的格式,例如OriginLab自推出以来,SpectraFox已经在多个研究小组的日常工作中证明了其能力,并为多个出版物做出了贡献[9本文介绍了SpectraFox的主要功能。它扩展了在线提供的详细说明手册。我们在一个真实世界的例子中展示了它的功能,在那里我们展示了一个集合的评估在超高真空条件下用低温扫描隧道显微镜记录的物理数据。2. 软件框架2.1. 软件构架SpectraFox基于Microsoft它的用户界面是基于每个功能的多个窗口。多线程被大量使用,它利用了现代多核处理器的优势。对于复杂的数值问题,通过OpenCL或CUDA接口使用专用图形处理器,可以进一步提高计算能力。该软件是在开源许可证下发布的,并具有插件界面。两者都允许用户容易地扩展软件的能力,例如自定义文件处理例程、数据处理程序或用于非线性最小二乘拟合的SpectraFox它通过专用的项目文件夹管理数据文件。sce- nario的典型用法是将软件指向包含制造商测量软件输出的文件夹SpectraFox扫描目录中的兼容文件,并创建一个存储在缓存文件中的索引该索引包含文件头中包含的测量由于扫描所有文件对于包含数千个文件的项目来说可能是一项繁重的任务,因此使用缓存文件可以加快后续加载时间。对于较大的项目,此体系结构保留了较低的内存占用。SpectraFox的数据处理例程生成的输出与每个源文件分开存储。这始终保持原始数据不变。它保护数据不受破坏,从而禁止对科学数据的任何操纵。2.2. 软件功能SpectraFox是一种工具,可收集和显示从数据文件头中提取的测量相关元信息例如,用户注释、光谱或图像的记录位置、记录时间或结属性,例如反馈条件或电压。该信息集合显示在所有数据文件的概览中,以及数据本身的预览图像。名单是可以排序的,并且可以过滤或搜索具有特定属性的文件。此外,SpectraFox不处理从显微镜图像中分离出来的光谱数据。相反,它将样品不同位置记录的光谱与相关图像连接起来。SpectraFox的主要目标是简化大量数据文件的处理。因此,应用于光谱文件的所有基本操作不仅适用于一个文件,而且可以在设置后同时对多个文件执行。光谱数据的这些基本任务包括1. 偏移数据列,或添加多个列,2. 将数据列与另一列的标量因子或值相乘,M. Ruby / SoftwareX 5(2016)3133Fig. 1. SpectraFox的架构。硬件制造商的测量软件的输出存储在项目文件夹中。SpectraFox扫描文件夹中的兼容文件并创建其属性的索引。它还提供数据处理程序和分析工具。它们的输出与缓存的属性索引一起存储在项目文件夹中数据文件还可以导出为常见科学程序接受的文件格式数据可视化工具可以将其图像导出到其他图形编辑器中进行进一步处理。3. 将数据裁剪到任意范围,4. 对一个文件内的多个数据列进行平均,或者在几个文件之间,5. 使用相邻平均或Savitzky-Golay滤波器平滑数据列6. 反转列中数据的顺序,7. 计算列的数值导数,8. 将数据列归一化为给定范围内的常数值以比较不同的文件,9. “regauging” differential conductance data measured with10. 对频率调制原子力显微镜中记录的频移和电流信号进行去卷积。其中一些功能可能看起来微不足道,但SpectraFox是唯一一个将它们捆绑在一起直接应用于一批数据文件的软件包更复杂的任务需要单独设置。因此,对每个文件单独执行它们。这里,一个重要的功能是光谱数据的非线性最小二乘拟合工具。SpectraFox包含许多适用于常见物理问题的拟合函数,例如高斯或洛伦兹分布,或Fano和Frota线形[14更专业的拟合程序提供了为超导物理和非弹性隧道光谱学开发的模型,特别是处理非弹性自旋激发。第一个需要两组数据的卷积,而后者执行零场自旋哈密顿量的对角化[17]。所有拟合模型都可以组合和耦合。这允许在一个光谱内拟合多个光谱特征,即使它们彼此重叠对于特殊问题,我们鼓励用户通过插件库扩展SpectraFox。高光是同时拟合两个数据集的可能性,并且具有相互耦合的参数集,据作者所知,这是此功能在许多情况下可能会有所帮助。例如,在不同但物理上相等的位置处的测量中,耦合拟合导致优化的结果。此外,SpectraFox的核心功能是光谱数据的可视化。除了绘制单个文件外,Spec- traFox还可以在彼此之上绘制多个光谱,或者作为一个层叠的瀑布图。多个光谱也可以相对于它们在二维彩色图中的空间位置可视化。在此,光谱强度由颜色强度表示,该颜色强度被绘制在相关的地形图像的顶部这特别适合于记录在空间点网格中的数据,但也可以用于任意放置的光谱。SPS中的一种常见做法是沿一条直线记录多个光谱,以研究光谱特征沿横向位置的演变。SpectraFox在彩色图中可视化了这种演变,其中光谱强度与位置相关,并且光谱内的数量变化。SpectraFox最初并不打算提供处理显微镜图像的功能,因为其他人已经专门为此[7,8],但仍然包含一些有用的功能。例如,用于跨这样的图像提取线轮廓的工具。SpectraFox在其他免费SPM分析工具中的一个独特功能是可以将在不同横向位置记录的多个图像合并为一个概览图像。3. 实施和物理概念在第2.2节中列举了SpectraFox提供的几个基本功能它们中的大多数都是自我解释的,因此我们参考用户手册了解有关其处理的详细信息。在这里,我们想重点介绍两种工具的细节,这两种工具可以处理扫描隧道光谱(STS)和原子力显微镜(AFM)中的专门问题在STS光谱中,人们感兴趣的是相对于尖端-样品结的电压差的差分介电常数(dI/dV)。在尖端状态密度恒定的假设下,该信号与样品的局部状态密度成比例[18]。在这种情况下,它是局部电子结构的量度。由于该量是电流相对于采样电压的导数,各种噪音。代替直接记录信号,人们通常使用锁定技术来提高信噪比。作为缺点,信号的绝对物理单位丢失。SpectraFox提供了恢复这些单元的可能性-我们称之为“重新增加”的程序。最简单的方法是了解锁定放大器34M. Ruby / SoftwareX 5(2016)31=+ZFSzXyzt− z在测量过程中应用。然后,锁定信号可以容易地被重新增加 回到 绝 对 物理 单 位。 但 是 ,如 果 这些 值 不 可用 ,SpectraFox提供了一种替代方法来重新测量锁定信号。它需要同时记录通过连接处的电流。该过程首先平滑电流信号,然后计算其相对于偏置电压的数值导数输出具有正确的物理尺寸,并包含锁定信号的所有通常,锁定信号可以包含偏移y0,并且可以相对于原始信号线性拉伸因子m:0年 MX.通过执行高质量锁定信号到电流的噪声导数的快速最小包围最小二乘拟合,我们获得参数y0和m,并且可以恢复绝对物理尺寸。原子力显微镜的一个强大功能是测量针尖与样品之间的非线性相互作用力一种常见的技术,以获得这是调频原子力显微镜。这里,悬臂以其共振频率振荡。之间的力尖端和样品导致该值相对于 由反馈电路跟踪的尖端-样本距离λ(z)。流行的qPlus音叉设计[19]允许同时记录跨结的电流。由于悬臂的高振荡频率,输出是时间平均隧穿电流Ia(z)。SpectraFox可以对两个信号进行去卷积,以从第一个信号中提取相互作用力F( z),并从后一个信号中提取瞬时隧穿电流I( z)[20,21]:F z =2 k∞1 +一个1/2拉克莱特态密度ρt, s。I(V,z)=<$ρs(V+ε)ρt(ε)<$f(V,ε)|M(V,z)|2d ε。(3)这里,V是样品偏置电压,z是针尖-样品距离,Δf( V,ε)是态密度占据的差异,M( V, z)是隧道矩阵元素[25]。为了考虑额外的谱线展宽,输出还与高斯函数卷积。每个卷积过程需要大量的处理能力,特别是如果状态密度的拟合模型包含缓慢衰减的函数。SpectraFox使用多线程和缓存al-出租m来减少计算时间。这种计算全电流的积分方法也再现了人为的光谱特征。一个突出的例子是负微分电导的出现。如果尖端和样品中的两个尖锐共振彼此卷积,则会发生这种情况。虽然电压差增加,但态密度的下降导致电流减小。该方法已在超导样品的隧道光谱实验中得到验证,实验是用超导针尖进行的在这种情况下,尖端和样品态密度由传统超导体的BCS理论[26]表示。此外,磁性杂质可以在超导带隙内引入具有洛伦兹线形的共振。有关更多详细信息,请参阅参考文献。[10第二个拟合模型针对吸附物中自旋激发的非弹性隧道光谱[27,28,17]。在这种情况下,隧穿电流是通过对角化自旋()下一页ωrz的3/ 28π(t-z)()d(t)自旋态被配体字段:- T2(t-z)DTdt,(1)H=DS2+E<$S2−S2<$。(四)I( z)=Ia(z+a)−<$∞<$2a×dIa(t)−2d Ia(t+a)dt(二)这里,S是自旋算符,E和D分别给出面内和面外磁各向异性作为输入,拟合模型需要自旋状态和dtπdt.这里,a是振荡振幅,ωr是谐振频率,k是悬臂的弹簧常数。对于其他物理过程的定量评估,SpectraFox提供了一个非线性最小二乘拟合引擎。它支持第一种方法对初始参数集的不准确猜测更具鲁棒性,后者在接近优化最小值方面更快。关于基本拟合功能,请参阅用户手册。在这里,我们想解释两个针对特定物理问题的复杂拟合模型。第一个模型卷积了两个函数。例如,这在扫描隧道光谱学中是重要的,如果尖端的恒定态密度的模型是不适用的。在这种情况下,必须计算隧道结的电流积分,以将源自尖端态密度的光谱特征与样品的光谱这相当于针尖和样品的卷积系统的温度后者决定了职业各向异性分裂态的然后计算不同自旋取向之间的转移矩阵元。这给出了隧穿概率,一旦偏置电压达到翻转吸附物自旋的阈值能量,隧穿概率就增加。从本质上讲,它会导致通过结的电流,或微分电导中的一个阶跃。然后可以将信号拟合到实验数据。4. 说明性示例SpectraFox的能力说明了评估一个现实世界的例子。我们展示了参考文献[13]中发表的数据的一个子集,这些数据是在超高真空条件下用低温扫描隧道显微镜记录的。测量软件Nanonis通过SPECS与实验数据是在(111)面上测得的。 超导体Pb,其中单层的有机岛M. Ruby / SoftwareX 5(2016)3135图二、用扫描隧道显微镜记录的一组测量数据的示例性评估步骤通过使用SpectraFox,该草图程序需要不到13分钟的时间来校正100个文件的偏移,重新测量其dI/dV信号的物理尺寸,在地形图像上可视化其局部光谱强度,并将数据传输到外部科学软件。所有步骤的视频都可以在http://dx.doi.org/10.1016/j.softx.2016.04.001上找到。锰酞菁分子被吸附。铅是一种用BCS理论描述的传统超导体。金属中心的磁矩干扰了超导配对机制,从而产生了亚能隙束缚态[29]。这些可以在差分电导光谱中解决我们测量了温度为1的数据集。1 K由显微镜图像和光谱数据组成,记录在单个分子的网格中。这些文件可以在github存储库的example-data文件夹中在线找到。为了获得数据、其记录位置和属性的概述,我们通过扫描项目文件夹中的兼容文件来开始评估我们使用锁定技术来获取光谱数据。因此,dI/dV信号作为任意电压与样本偏置电压的关系给出在干净的衬底上,光谱反映了超导体的态密度。在分子顶部,光谱包含超导带隙内的束缚态共振。评估的各个步骤如图所示。 二、我们在不到13分钟的时间内处理了100个文件,这在http://dx的在线视频中有记录。doi。org/10. 1016个/日。softx。2016. 04. 001与这篇文章我们首先必须校正所有文件的偏置电压中38µeV的微小偏移。该值是从裸衬底的光谱与BCS理论模型的拟合中提取的[图2(b)]。在去除偏移之后,第二步是恢复锁定信号的正确物理量。这是通过第3节中描述的重新计量程序来实现的[图1]。 2(c)]。第三步是网格数据的可视化。因此,我们将光谱强度与地形图像重叠,以获得子带隙束缚态的精确定位[图10]。 2(d)]。在这种情况下,我们清楚地看到它们在分子顶部的强度增加。最后,所有光谱与regaught数据被导出,使他们可以直接导入到其他科学程序进行最终处理[图10]。 2(e)]。5. 结论SpectraFox是一个很有前途的工具,可以简化扫描探针显微镜和光谱学的日常任务。它为具有大量测量文件的项目提供数据管理功能。一旦设置好,SpectraFox能够将常用的数值程序同时应用于大量文件,从而加快评估过程。SpectraFox还包括几个专门的工具,例如用于非线性最小二 乘 拟合 或 数 据 可视 化 。 因 此, 重 要 的是 要 注 意 ,SpectraFox创建的所有数据都与原始文件分开存储。这保证了源数据永远不会被修改或重写。SpectraFox是在开源许可证下发布的,这确保了软件独立于任何测量硬件制造商。这也有助于在使用不同测量设备的组内和组之间保持均匀的评估体验。SpectraFox兼容多 种 数 据 文 件 格 式 。 到 目 前 为 止 , 它 支 持 处 理 由SPECS/Nanonis , Omicron/Matrix , Createc 和 NanotecElectronica/WSxM系统生成的文件。感兴趣的读者可以通过提交示例数据到项目的github存储库来帮助支持更多的制造商。我们还鼓励读者为项目做出贡献,并根据自己的意愿扩展软件。致谢感谢K. J。Franke,J.I.Pascual,G.Schulze,N.哈特角洛策湾Ahmadi和B.W.感谢Heinrich对软件、用户手册和本出版物进行了富有成效的讨论、提出了建议和反馈。我们还感谢德国研究共同体通过合作研究中心SFB 658提供的财政支持。36M. Ruby / SoftwareX 5(2016)31引用[1] 杨伟华,王伟,王伟.应用物理学报1984;44:651.[2] Binnig G,Rohrer H. IBM J Res Dev1986;30:355.[3] 李文,李文,等.生物医学与化学,2000; 10:100.[4] Martin Y,Wickramasinghe HK.应用物理学报1987;50:1455.[5] ChangAM,Hallen HD,Harriott L,Hess HF,Kao HL,Kwo J,etal. 应用物理学报1992;61:1974.[6] 维斯甘德河Rev Mod Phys2009;81:1495.[7] 免费SPM数据分析软件(http://gwyddion.net)。[8] Horcas I,Fernandez R,Gomez-Rodriguez JM,Colchero J,Gomez-Herrero J,Baro AM. Rev Sci Instrumum2007;78:013705。[9] SchulzF,Drost R,Ha?ma? la? inen SK,Demonchaux T,SeitsonenAP,Liljeroth P. Phys Rev B2014;89:235429.[10] RubyM,Heinrich BW,Pascual JI,Franke KJ. 物理学修订快报2015;114:157001.[11] RubyM,Pientka F,Peng Y,von Oppen F,Heinrich BW,FrankeKJ. PhysRev Lett2015;115:087001。[12] RubyM,Pientka F,Peng Y,von Oppen F,Heinrich BW,FrankeKJ. Phys Rev Lett2015;115:197204。[13] Hatter N,Heinrich BW,Ruby M,Pascual JI,Franke KJ. NatureComm2015;6:8988.[14] 法诺大学物理学评论1961;124:1866。[15] 弗洛塔·霍Phys Rev B1992;45:1096.[16] 放大图片作者:Frank S. Phys Rev B2015;92:235127。[17] 放大图片作者:GatteschiD,Sessoli R,Villain J. 分子纳米磁体。牛津:牛津大学出版社,2006.[18] 陈CJ。扫描隧道显微镜简介第2版牛津:牛津大学出版社,2008年.[19] Giessibl FJ. Rev Mod Phys2003;75:949.[20] 陈文生,陈文生,等.应用物理学报,2004; 10:1801.[21] Sader JE,Sugimoto Y.应用物理学报2010;97:043502。[22] Nelder JA,Mead R. Comput J1965;7:308.[23] 列夫·恩伯格Q Appl Math1944;2:164.[24] 马夸特湾SIAM J Appl Math1963;11:431.[25] 陈CJ。Phys Rev B1990;42:8841.[26] 作者:J.J. J. 物理学评论1957;108:1175。[27] Heinrich AJ,Gupta JA,Lutz CP,Eigler DM.科学2004;306:466.[28] [10] Hirjibehedin CF,Lin C-Y,Otte AF,Ternes M,Lutz CP,Jones BA,et al. Science 2007;317:1199.[29] 芝湾《物理学进展》1968年;40:435。
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